Он вышел «из фельдфебелей» Константиновского кадетского корпуса в Егерский полк. Затем служил в Лейб-Гвардии Гатчинском полку, откуда в чине подпоручика поступил в Николаевскую Академию Генерального штаба. Во время учения там он также слушал курс лекций в Петербургском университете. Академический курс длился в этот период три года. Академия давала высшее военное образование офицерам всех родов сухопутных войск. Биографы Шанявского упоминают об окончании им Академии с золотой медалью. Согласно историческому очерку Академии, подготовленному профессором Николаевской академии Н. П. Глиноецким, это была малая серебряная медаль. 22 января 1862[13] г. в чине поручика А. Шанявский был переведён в Генеральный штаб штабс-капитаном. Затем до 1866 г. следовала служба в Генштабе, присвоение звания полковника в 1870 г. и увольнение по болезни в звании генерал-майора в 1876 г.» [144].
Казалось, что жизнь удалась. Отличная учёба, быстрая карьера. А. Шанявского заметил и приветил новый военный министр генерал-фельдмаршал Д. А. Милютин, который и поручил ему заниматься рекрутским набором. Но вскоре стало ясно, что молодому генералу в сыром Петербурге не жить: туберкулёз, в открытой его форме. Нужно было срочно менять климат. И Шанявский уехал в Восточную Сибирь. Уехал по приглашению (по одной из версий) графа Н. Н. Муравьёва-Амурского, стремившегося заменить старых сибирских администраторов на талантливую молодёжь.
Однако П. Романов замечает, что Шанявский вряд ли мог быть приглашён Муравьёвым, поскольку генерал-губернатор Н. Н. Муравьёв-Амурский навсегда покинул Сибирь и вернулся в Санкт-Петербург в 1861 году, когда Альфонс Леонович ещё только заканчивал Академию. Новым генерал-губернатором в это время становится молодой генерал М. Корсаков, и А. Шанявский, получив должность адъютанта военного округа, оказывается в подчинении помощника генерал-губернатора, другого молодого генерала, поляка Б. Кукеля, известного своими либеральными взглядами.
А на родине Шанявского как раз тогда, когда он осваивался в новой должности, вспыхнуло очередное восстание, после которого в Сибири оказались новые его соотечественники.
Что чувствовал Альфонс Леонович, служа России, встречая в Сибири не только уважаемых там декабристов, но и ссыльных поляков? Несомненно, все эти события наложили свой отпечаток на взгляды и настроения А. Л. Шанявского и без того слывшего либералом.
Во всяком случае, когда судьба свела его с Лидией Алексеевной, дочерью начальника Нерчинских заводов Алексея Фёдоровича и сибирской золотопромышленницы Апполинарии Ивановны Родственных, их взгляды на жизнь оказались очень близки.