Сотни и тысячи русских, потеряв всякое терпение и надежду на лучшие времена, уходили толпами в Литву и Польшу.
Одно только счастливое событие произошло в течение этих лет: Иоанн постиг всю бесполезность разделения земли на две половины, из которых меньшая терзала большую, и по внушению Годунова уничтожил ненавистную опричнину. Он возвратился на жительство в Москву, а страшный дворец в Александровой слободе запустел навсегда.
Между тем много бедствий обрушилось на нашу родину. Голод и мор опустошали города и селения. Несколько раз хан вторгался в наши пределы, и в один из своих набегов он сжег все посады под Москвою и большую часть самого города. Шведы нападали на нас с севера; Стефан Баторий, избранный сеймом после Жигимонта, возобновил литовскую войну и, несмотря на мужество наших войск, одолел нас своим умением и отнял все наши западные владения.
Царевич Иоанн, хотя разделял с отцом его злодейства, но почувствовал этот раз унижение государства и попросился у царя с войском против Батория. Иоанн увидел в этом замысел свергнуть его с престола, и царевич, спасенный когда-то Серебряным на Поганой Луже, не избежал теперь лютой смерти. В припадке бешенства отец убил его ударом острого посоха. Рассказывают, что Годунов, бросившийся между них, был жестоко изранен царем и сохранил жизнь только благодаря врачебному искусству пермского гостя Строгонова.
После этого убийства Иоанн, в мрачном отчаянье, созвал Думу, объявил, что хочет идти в монастырь, и приказал приступить к выбору другого царя. Снисходя, однако, на усиленные просьбы бояр, он согласился остаться на престоле и ограничился одним покаянием и богатыми вкладами; а вскоре потом снова начались казни. Так, по свидетельству Одерборна, он осудил на смерть две тысячи триста человек за то, что они сдали врагам разные крепости, хотя сам Баторий удивлялся их мужеству.
Теряя свои владения одно за другим, теснимый со всех сторон врагами, видя внутреннее расстройство государства, Иоанн был жестоко поражен в своей гордости, и это мучительное чувство отразилось на его приемах и наружности. Он стал небрежен в одежде, высокий стан его согнулся, очи померкли, нижняя челюсть отвисла, как у старика, и только в присутствии других он делал усилие над собою, гордо выпрямлялся и подозрительно смотрел на окольных, не замечает ли кто в нем упадка духа. В эти минуты он был еще страшнее, чем во дни своего величия. Никогда еще Москва не находилась под таким давлением уныния и боязни.
В это скорбное время неожиданная весть пришла от крайнего востока, и ободрила все сердца, и обратила общее горе в радость.