В конце 1994 г. «корабли замерли у пирсов. Закончились флотские запасы некоторых марок масел, а главное — вышел срок службы аккумуляторных батарей. Их пришлось выгрузить. А без аккумуляторной батареи подводная лодка теряет свое основное свойство — способность погружаться и подавать «электрическую кровь» на все потребители и приборы подводного организма»>{141}.
15 декабря 1994 г. согласно директиве Главнокомандующего штаба ВМФ от 9 июля 1994 г, была расформирована 14-я дивизия подводных лодок. За 27 лет через дивизию прошли со своими командирами и экипажами 106 лодок постоянного и 24 лодки переменного состава.
В постоянном составе было пятьдесят четыре подводные лодки пр. 613, одиннадцать пр. 633, двенадцать пр. А615, десять пр. 641, четыре пр. 644, три пр. 690, две пр. 640, две пр. 641 Б, две пр. 651, по одной подводной лодке проектов 655, 6ПАВ, 619, 1710, 1840,877В.
В разные годы в состав дивизии входили лодки Северного флота: шестнадцать единиц пр. 641Б и 8 пр. 877.
В конце 1994 г. командование флота принимает решение упразднить базу подводных лодок в Балаклаве. Казарменно-жилищный фонд и коммунальные сооружения, всего 29 зданий, были безвозмездно переданы в постоянное пользование Исполкому Севастопольского Совета народных депутатов.
16 февраля 1995 г. 155-я бригада подводных лодок была передислоцирована из Балаклавской бухты в Южную бухту. В составе бригады были подводные лодки Б-435, Б-871, «Горъковский комсомолец», Б-9, средняя подводная лодка-лаборатория СС-533, катера-торпедоловы ТЛ-1005 и ТЛ-997, водолазные катера PBK-5I6 и РВК-429, плавучие зарядовые станции ПЗС-61 и ПЗС-63, судно-мусоросборщик МУС-899.
270-й военно-морской лазарет был передан в состав 810-й бригады морской пехоты и переведен в бухту Казачья.
В принадлежавшем 155-й бригаде балаклавском военном городке стала дислоцироваться воинская часть национальной гвардии Украины.
С начала 1995 г. в составе Черноморского флота уже не было ни одной боеспособной подводной лодки. Лишь 22 мая 1996 г. в состав «сил постоянной готовности» формально ввели подводную лодку Б-871.
Судьба других подводных лодок Черноморского флота сложилась по-разному. Ряд подводных лодок как Черноморского, так и Северного флотов, проходивших боевую подготовку на Черноморском флоте, были отправлены на Север (четыре лодки пр. 877: Б-177, Б-459, Б-471 и Б-800 и две лодки пр. 641 Б: Б-437 и Б-498).
В 1991 г. на слом пошли подводные лодки проекта 613 — С-74, С-287 и С-379, выведена из состава флота большая специальная лодка БС-153, на которой проводились испытания баллистических ракет Р-39 комплекса Д-19. На следующий год были разобраны подводные лодки проекта 641 — Б-6 и Б-105; C-11 и С-37 проекта 633; С-70 и С-243 проекта 613. В 1993 г. флот потерял подводные лодки проекта 613Ц С-384 и проекта 641 Б-36, а в 1994 г. сданы для разборки на металл подводные лодки проекта 641 — Б-109, Б-326 и Б-854, а также С-128 проекта 633КС и С-376 проекта 613. В 1995 г. была списана лодка проекта 651 Б-67 и разобрана лодка Б-9, предназначенная для передачи Украинским ВМС. Лодка-мишень СС-256 также предназначалась для Украины (ВМСУ) и была основательно разграблена.