В ноябре 1964 г. межведомственная комиссия Черноморского флота приняла лодку в состав опытовых кораблей. Она перешла в Феодосию к месту постоянного базирования. С 1965 г. по май 1967 г. в ходе летно-конструкторских испытаний с подводной лодки С-65 произвели 21 пуск. В ходе государственных испытаний с 16 мая по 25 июля 1968 г. с лодки было выполнено 17 пусков.
Ракета меньшего диаметра была принята на вооружение под индексом 82Р. Постановлением Совмина № 617—209 от 4 августа 1969 г. ракетный комплекс «Вьюга» с ракетой 82Р был принят на вооружение. Этот ракетный комплекс получил индекс РПК-2, он поступил на вооружение атомных подводных лодок проектов 705, 705К, 671, 671РТ, 671РТМ.
На Балаклавском полигоне с 1962 г. испытывались и неуправляемые противолодочные ракеты «Вихрь».
В комплекс входили спаренная пусковая установка и система управления, которая вырабатывала исходные данные для стрельбы по целеуказаниям от корабельной гидроакустической станции или противолодочного вертолета.
Сама ракета — баллистическая твердотопливная неуправляемая. Поражение подводной лодки обеспечивалось специальной боевой частью на дистанциях от 10 до 28 км и на любых глубинах. Стрельба могла производиться одиночными ракетами или двухракетным залпом. Главный конструктор комплекса Н.П. Мазуров.
Для испытаний на 5-й площадке установили две пусковые установки. В ходе испытаний предлагалось выбрать также тип пусковой установки.
В бункере была смонтирована система управления пуском. Пороховые двигатели собирались в снаряжательной мастерской на третьей площадке. Вся ракета собиралась в 5-м хранилище. Собранная ракета на технологической тележке доставлялась на 5-ю площадку и автокраном загружалась на пусковую установку.
Разработка первой морской баллистической ракеты на твердом топливе комплекса Д-6 была утверждена Постановлением Совмина № 656—267 от 18 июня 1960 г. Головным исполнителем было назначено ЦКБ-7 (ныне ПО «Арсенал»), соисполнителями — завод № 6, НИИ-13, 88, 137, ЦКБ-34 и другие. В том же году был разработан эскизный проект комплекса Д-6.
Ракета имела две ступени. Стартовый вес ее составлял 21—22,5 т. Длина ракеты полная 14,5—15 м, максимальный диаметр корпуса 1,85 м. Дальность стрельбы 2500 км (первоначально было задано 800 км). Круговое вероятное отклонение составляло 4 км. Головная часть моноблочная с боевой частью типа «49» мощностью 0,3—1 мегатонна,
К концу 1959 г. ЦКБ-16, пользуясь предварительными данными, полученными от головных исполнителей комплекса, разработало эскизный проект 629Д6 размещения на подводной лодке проекта 629 ракетного комплекса Д-6. На лодке предусматривалась установка трех ракет в вертикальных шахтах. Параллельно был разработан технический проект 613Д6 переоборудования подводной лодки проекта 613 для отработки и испытания на ней комплекса Д-6 путем запуска натурных макетов ракеты на ходу подводной лодки. Проект 613Д6 был завершен в ноябре 1960 г., а в январе 1961 г. рабочие чертежи были переданы заводу № 444.