Из Лондона Барт направился в Париж, а затем на юг Франции и в Испанию. 7 августа 1845 года началось наконец путешествие к Средиземному морю. Он пересек Гибралтар и достиг марокканского порта Танжер, впервые ступив на африканскую землю. Однако проникнуть в глубь страны на этот раз ему не удалось из-за происходивших тогда военных действий[2]. Барт поспешно покинул страну и 29 августа отправился в Алжир. Он почти три недели прожил в относительно «безопасном» районе. Это предприятие стоило денег. И теперь ему было особенно трудно, так как еще в мае 1842 года отец потерял значительную часть состояния из-за большого пожара в Гамбурге, к тому же снизились прибыли от торговли. Но, несмотря ни на что, ему удалось покрыть расходы сына. Барт в полной мере оценил эту жертву и был за нее очень благодарен отцу.
Обстоятельное исследование культурно-исторического прошлого он смог впервые произвести в Тунисе. Барт изучал руины, храмы и архитектурные памятники на территории древнего Карфагена. После кратковременного пребывания на острове Мальта в январе 1846 года он возвратился в Тунис, однако 5 марта с тяжелым сердцем покинул эту страну, пересек Киренаику, славившуюся своей живописностью, и продолжил путешествие вдоль Средиземного моря по направлению к Египту. Вблизи расположенного на побережье Мармарики портового города Тобрук 7 июня 1846 года Барта постигло несчастье: преследовавшие его в течение двух дней бедуины напали на него и ограбили. Он лишился большей части имущества, но самое обидное — зарисовок и записей. Кроме того, был дважды ранен в стычке. «Дальнейшее продвижение, — пишет об этом Барт в своих путевых заметках, — больше походило на бегство человека, стремящегося во что бы то ни стало оправдать цель своего путешествия, чем на научную экспедицию, во время которой принято обращать внимание на все детали, которые тебя окружают». Днем Барт был вынужден зачастую прятаться, и лишь с наступлением ночи ему удавалось продолжать путь. Ему было тяжело передвигаться из-за полученного ранения, и нередко его стоянки затягивались. Порой Барт становился таким беспомощным, что даже был не в состоянии писать свой путевой дневник. Поэтому записи, относящиеся к этому периоду, весьма скудны.
Мобилизовав остаток сил, он пробивается к Александрии и прибывает туда вечером 17 июня. Этим событием Барт заканчивает описание своего путешествия по Средиземноморью.
Залечив раны и отдохнув, он осенью продолжает путешествие. Поднявшись по Нилу, Барт высаживается близ Асуана и отправляется через пустыню к Красному морю, чтобы разыскать античные развалины Береники. 10 декабря Барт через порт Кусейр вернулся в Каир. Он охотно задержался бы здесь, однако вскоре понял, что не в состоянии охватить все. На берегах Нила было еще много древних памятников, да и сама река представляла для него немалый интерес. Однако ему все же удалось повидать самое значительное, а с остальным предстояло познакомиться лишь по книгам.