После того как в течение нескольких лет Барт тщетно надеялся получить должность ординарного профессора, провал его кандидатуры при голосовании нанес особенно сильный удар по его самолюбию. Но и это было еще не все. Его ходатайство о твердом жалованье также отклонили, а вместо этого лишь продлили ежегодное пособие. В 1862 году факультет вновь отклонил его кандидатуру на должность ординарного профессора. После таких унижений чаша терпения была переполнена.
5 января 1863 года Барт писал министру по делам культов: «Старый год остался позади, начался новый. Все время я терпеливо ждал, чтобы данные мне письменные обещания были выполнены. Однако отныне я не могу больше оставаться в неизвестности и готовлю статью в газету, чтобы выпросить для себя постоянное место службы где-нибудь в другом месте, причем я твердо убежден, что там сумеют оценить по достоинству результаты моих трудов, которыми здесь всячески пренебрегают.
Пруссия, по чьей инициативе, при чьем содействии я участвовал почти шесть лет в опасной и сверх всякой меры тяжелой экспедиции в глубинные районы Центральной Африки, принесла меня в жертву Англии, чьи интересы мне совершенно чужды. Сейчас, когда меня со дня на день оставляют в неведении относительно моего будущего, похоже, происходит то же самое. Такое сомнительное положение, без какой бы то ни было поддержки я не в состоянии больше выносить и настоятельно прошу без дальнейших промедлений положить этому так или иначе конец».
В то время, когда Барт вел переговоры с университетом в Йене, где у него имелись шансы на получение долгожданной кафедры, ему сообщили, что прусское министерство по делам культов назначило его экстраординарным профессором. И он предпочел остаться в столице. Правда, это назначение не устранило проблему жалованья, и Барт, как и прежде, жил лишь на ежегодное пособие. Однако был сделан по меньшей мере первый шаг, который, правда, отнял очень много времени и сил.
С начала зимнего семестра 1863 года Барт приступил к чтению лекций в университете. На занятиях присутствовало до 60 вольнослушателей. По сравнению с его прежними лекциями, которые он читал как приват-доцент, эти были более успешными. География и этнография имели, по его мнению, не только научное призвание, но и другое — интернациональное. «Что может быть для молодежи, — говорил Барт, — более поучительным, чем география и народоведение со всеми их окрыляющими характерными чертами? Лично для меня эти науки суть целое, и в то же время они — связующее звено в цепи всех других дисциплин и приобретают наравне с другими науками все большее значение…»