Ответ Зивекинга был однозначным — облеченный в любезную форму отказ. Барту советовали ехать в Берлин, который после ввода в действие железной дороги был отдален от Гамбурга лишь на расстояние восьми часов езды. Этот намек на новую железную дорогу был малоутешителен для не имевшего постоянной работы и ясных перспектив на будущее Генриха Барта.
В конце марта 1847 года он двинулся дальше — в Бейрут. Целью его путешествия теперь были древне-финикийские города. После Кипра он посетил расположенные на южном побережье Малой Азии Ликию и Памфилию. В Эгейском море он остановился на Родосе, а оттуда направился в турецкий порт Смирну (Измир), где его на несколько недель приковал к постели приступ малярии. И только в начале сентября Барт смог продолжить путешествие. Он побывал в Лидии, которая вызвала у него особенный интерес из-за своей посреднической роли между древним Востоком и Грецией, а затем в районе Трои, в античной горной местности Мизии и бывшей римской провинции Вифинии, после чего прибыл в Стамбул. Барт стремился еще многое осмотреть «на финише». «Я все же хочу увидеть Афины, — писал он родителям. — Коринф и Аргос, Спарту и Дельфы на вершине Парнаса и Олимпию на реке Алфиос, а затем домой — на праздник рождества! Какая же это будет радость! А вы должны поставить мне на стол три елочки с маленькими восковыми свечами: одну — за этот год и две — за последние два года, прожитые без свечей и елок».
Он вернулся домой 27 декабря 1847 года с некоторым опозданием: рождественские праздники уже, к сожалению, прошли. Путешествие, длившееся почти три года и стоившее ему не менее 14 тысяч талеров, увенчалось успехом. Барт приобрел значительные познания в археологии, истории, этнографии и филологии, а по основной своей теме — античные торговые связи и средства сообщения — смог собрать много важных сведений. Кроме того, Барт окреп физически и духовно, заметно возросла его уверенность в своих силах, он наконец приобрел самостоятельность. Во время путешествия он выработал свой метод сбора материала, которого придерживался впоследствии. Передвигаясь верхом на лошади, на верблюде или покрывая расстояния пешком, он записывал в свой дневник все, что ему казалось важным, как, например, названия местностей; характер почв, длину пути, величину долин, рек, высоту гор, размеры развалин и т. д. А затем каждый вечер увязывал эти краткие заметки между собой. Как только выдавалась свободная минута, он приступал к обобщению и систематическому описанию материала. Таким образом, дневник стал точным «меморандумом» всего увиденного им. К этому можно добавить подробные зарисовки и иногда, правда относительно редкие из-за требующего немалого времени и подготовки, дагерротипы, так что в общей сложности у него собралось достаточно материала, чтобы точно и наглядно описать весь маршрут путешествия.