С самого начала работы экспедиции между Бартом и Ричардсоном возникли разногласия. Они коренились в различии характеров, но прежде всего — взглядов на цели экспедиции. Если в первое время еще была хоть какая-то возможность сгладить противоречия, то с возрастанием трудностей конфликт усиливался. Ричардсон проявлял все меньше интереса к научным исследованиям Барта и Овервега. Чтобы избежать неприятных и мешающих нормальной работе трений, которые рано или поздно должны были привести к разрыву, Барт принял решение после успешного перехода через Сахару идти какое-то время раздельно. У местечка Тагелель, заранее договорившись с Овервегом, он осуществил задуманное. Решение Барта мотивировалось, кроме того, тяжелым финансовым положением экспедиции. Деньги из английской «метрополии» заставляли себя ждать, и поэтому проще было продолжать путешествие небольшими группами, что требовало меньше издержек.
По плану Барта вся экспедиция на два-три месяца разбивалась на три группы. Ричардсону следовало отправиться в сопровождении Аннура в Зиндер, расположенный лишь в 100 километрах южнее, в сфере господства султана Борну. В то время как Аннур по достижении цели повернет обратно, Ричардсон продолжит свой путь до Кукавы — столицы государства Борну.
Труднее был маршрут Овервега. Он должен был из Тесавы — важного узла на пересечении караванных путей (юго-западнее Дамергу) — проникнуть в еще неизвестную область близ Маради, с тем чтобы заняться геологическим обследованием и астрономическими съемками этой важной территории в Центральном Судане.
Однако самой сложной, без сомнения, была задача Барта: пройти через Кацину и достичь таинственного, неведомого большого города Кано в центральной части Судана.
11 января 1851 года настал день расставания с Ричардсоном. Договорились в начале апреля встретиться в отдаленной на 700 километров Кукаве на озере Чад. Барт был счастлив, что может теперь беспрепятственно, по собственному усмотрению руководить научной работой экспедиции. Он весьма оптимистически смотрел в будущее, надеясь обнаружить богатый научный материал. С интересом Барт отмечал, что растительности становилось все больше и все шире простирались сельскохозяйственные угодья. Вскоре показались первые хлопковые поля и встретилось в полном цвету тюльпановое дерево. 14 января сопровождавший Барта в течение нескольких дней Овервег отправился по другой дороге. Преданным и надежным спутником Барта стал отныне Элейджи, брат шейха Аннура, руководивший караваном до места, где его покинет экспедиция Барта.