Однако в пути его могли поджидать опасности. Французы во время своего завоевательного похода в южные области Алжира вероломно напали на мужественное арабское племя шаамба, а затем, 4 декабря 1852 года, взяли штурмом оазис Лагуат, устроив там резню. Известие об этом зверстве распространилось по всему Судану. Мирные, свободолюбивые народы пустыни поднялись против захватчиков. Поэтому Барт, конечно, не решился пока идти в Триполи.
Эль-Баккаи, возмущенный агрессией французских колонизаторов, решил было дать им отпор, объединившись с туарегами среднего течения Нигера, но, к сожалению, из-за вражды между племенами он не смог осуществить свои замыслы. Поскольку вооруженное наступление исключалось, шейх счел своим долгом хотя бы осудить нашествие и направил ноту протеста французскому правительству. Поразмыслив, Барт поставил свою подпись под этим документом.
До возвращения шейха из Томбукту Барт должен был с племянником Эль-Баккаи Мухаммедом бен Хоттаром стать лагерем близ Эрнессе, где они и простояли до середины мая, когда прискакавший из Томбукту гонец привез им разрешение шейха двигаться дальше и пакет с письмами, который находился в пути целых 15 месяцев. Среди них было сообщение из министерства иностранных дел от 19 февраля 1853 года о том, что в помощь Барту в Судан прибудет ассистент — молодой ученый Эдуард Фогель (1829–1856) — с деньгами и оборудованием, необходимым для дальнейшей научной работы, которую Барта уполномочивали довести до такого уровня, до какого он сам считает нужным, исходя из его знакомства с местными условиями. Британское правительство считало, что экспедиция продолжала двигаться от озера Чад в Занзибар. Из этого следовало, что министерство иностранных дел к 19 февраля 1853 года еще не получило извещения Барта о смерти Овервега и ничего не знало о походе экспедиции в Томбукту. Но когда в Лондоне получили письмо Барта, ему ответили следующим посланием министерства иностранных дел от 24 февраля за подписью Кларендона: «Сэр, с той же оказией, с какой Вы получите эту депешу, до Вас дойдет депеша моего предшественника, в которой правительство Ее величества выражает свое удовлетворение успехами, достигнутыми Вами и Вашим скончавшимся и оплакиваемым нами другом д-р Овервегом в раскрытии тайн Африканского континента. Едва эта депеша была отправлена из Лондона, как пришло Ваше сообщение из Куки от 10 октября, в котором Вы извещаете нас о смерти д-ра Овервега. что налагает на меня печальную обязанность выразить Вам глубокую скорбь правительства Ее величества.