И хотя апелляционный суд счел перевод судебной ошибкой, он не признал, что она нанесла Миллигану вред, поскольку в окружном суде Аллена прошло слушание, «в ходе которого, как мы полагаем, на основании достаточных и веских доказательств было установлено, что апеллянт в связи со своим психическим заболеванием представляет угрозу для себя и окружающих».
То есть апелляционный суд не согласился с решением судьи Джонса, но отказался вернуть Билли в Афины. Голдсберри с Томпсоном подали апелляцию в Верховный суд Огайо.
20 мая 1981 года, через шесть с половиной недель после слушания, судья Флауэрс объявил свой вердикт. В судебных записях представлено два объяснения. Первое: «Принимая решение, Суд придал большое значение Ввщественному доказательству № 1 (письму) и его интерпретации, предоставленной свидетелем доктором Льюисом Линднером. Суд счел это вполне убедительным свидетельством того, что у Уильяма С. Миллигана отсутствует общепринятая сдерживающая сила морали, к тому же он демонстрирует знакомство с криминальной субкультурой и неуважение к человеческой жизни». Во-вторых, из письменных показаний, сделанных под присягой доктором Колом, судья сделал вывод, что «он не готов принять наложенные судом ограничения», из-за чего условия содержания в Центре психического здоровья города Афины для данного пациента сочтены «недостаточными».
Никак не ссылаясь на показания остальных психологов и психиатров, свидетельствовавших о том, что Миллиган не опасен, судья Флауэрс распорядился продолжить лечение в Дэйтоне, назвав его «местом с наименее строгими условиями содержания, которые соответствуют целям лечения ответчика и могут обеспечить безопасность обществу». Далее судья Флауэрс предоставил Миллигану право на лечение у психолога из Дэйтона (которая заблаговременно информировала судью о том, что не имеет опыта лечения пациентов с множественной личностью) «за собственный (Миллигана) счет». Это решение было вынесено через три с половиной года с того момента, как Билли Миллиган был арестован и предстал перед судьей Флауэрсом впервые, и через два года пять месяцев после того, как судья Флауэрс признал его невиновным по причине невменяемости.
Алан Голдсберри немедленно подал апелляцию с кратким письменным изложением дела в Десятый окружной апелляционный центр Франклина, штат Огайо, заявив, что билль Сената № 297 («закон Миллигана») лишает человека равной защиты со стороны закона и справедливого отправления правосудия, а следовательно, противоречит конституции. Кроме того, адвокат настаивал на том, что закон применили к Миллигану «задним числом», что стало нарушением конституции штата Огайо, не допускающей законы с обратной силой.