Каппус совершил еще несколько десятков полетов на Ar-234 VI5 и VI7, проверяя отключение двигателей в полете, а также систему управления, разработанную фирмой «Юнкерс». Изучалась также возможность использования для силовой установки топлива J2 применяемого в двигателях Jumo 004, вместо бензина В4 (обычно применяющегося для BMW 004). Топливо J2 представляло собой разновидность машинного масла и было более доступно. В результате была разработана система в которой для запуска двигателей использовался В4, а когда двигатель уже был запущен подавалось J2. Серийные двигатели BMW 003Е, имеющие такие возможности, затем устанавливались на истребителе Не-162, победителе конкурса «Volksjager».
Очередным «Блицем» оснащенным двумя двигателями BMW 003 должен был стать Ar-234 VI6 (PH+SX, W.Nr 130026). Этот самолет предполагалось использовать для программы испытаний стреловидных крыльев. Он должен был получить крыло «Veruchflugel II» , а также два комбинированных реактивных двигателя BMW 003R. Самолет не был окончен. Подобная же судьба постигла и второй экземпляр, которым был Ar-234 VI8 (W.Nr 130028). Он также предназначался для испытаний «Veruchflugel II», с двигательной установкой из четырех BMW 003 в двойных пакетах. Однако также как и во время испытаний прототипов версии «С», возникли проблемы с топливной аппаратурой, поэтому было решено, что Ar-234А VI8 послужит для испытаний этой аппаратуры, но только с двумя двигателями BMW 003. Сроком его сборки в новой конфигурации было определено 10 марта 1945 года, однако проблемы с поставкой двигателей привели к отмене этой программы, и VI8 так никогда и не был завершен.
Ar-234 оснащенные двумя двигателями BMW 003 были только экспериментом, имеющим своей целью доработку двигателей. Из-за их относительно небольшой тяги возможность запуска такого варианта в производство уже никогда больше не рассматривалась. Однако, что интересно оба прототипа – Ar-234 VI5 и Ar-234 VI7, попали в январе 1945 года в боевую часть. Это был 3./Versuchsverband OKL, в котором оба самолета летали до апреля 1945 года (оба были уничтожены). В период службы Ar-234А VI5 носил обозначение T9+HL, а Ar-234 V17-T9+LL.
Одновременно с испытаниями двухдвигательных Ar-234, оснащенных BMW 003 был облетан третий прототип, оснащенный уже четырьмя такими двигателями. Ar-234 V13 (PH+SU, W.Nr 130023) впервые поднялся в воздух 6 сентября 1944 года с Иансеном за штурвалом. В качестве основы для него послужил фюзеляж серии «В», поэтому первый четырехмоторный Ar-234 имел собственное шасси. Двигатели были скомпонованы по две штуки в мотогондолах под крыльями, аналогичным тем, что ранее устанавливались на машине Ar-234 V8. Первый полет прототипа был в тоже время и последним. После десяти минут полета три двигателя неожиданно заглохли, и Нансену пришлось совершать очередную аварийную посадку, при которой самолет был серьезно поврежден. Прототип уже не восстанавливали, а его планер после тщательной переборки был передан, 22 сентября 1944 года в Техническую школу в Утеборге (Juteborg). Причиной происшествия стала авария топливного насоса (конструкции фирмы «Хеншель») первого двигателя, а также пожар третьего двигателя. Последний привел к аварии турбины находящегося рядом с ним четвертого BMW 003 А-0.