Крупным успехом стало форсирование реки Белой, приведшее ко взятию Уфы 9 июня 1919 г. и дальнейшему отходу белых. Тогда Чапаев, находившийся на передовой, был ранен в голову, но остался в строю. За боевые отличия был награжден высшей наградой Советской России — орденом Красного Знамени, а его дивизия удостоилась почетных революционных Красных знамен.
Чапаев выделился как самостоятельный командир из унтер-офицеров старой армии. Эта среда дала Красной Армии много талантливых военачальников, в том числе таких, как С. М. Будённый и Г. К. Жуков. Чапаев любил своих бойцов, и они платили ему тем же. Его дивизия считалась одной из лучших на Восточном фронте. Во многом он был именно народным вожаком, воевавшим партизанскими методами, но при этом обладавшим настоящим полководческим чутьем, огромной энергией и инициативой, заражавшей окружающих. Командиром, стремившимся постоянно учиться на практике, непосредственно в ходе боев, человеком бесхитростным и хитрым одновременно. Чапаев прекрасно знал район боевых действий, расположенный на удаленном от центра правом фланге Восточного фронта. Кстати, тот факт, что Чапаев на протяжении всей своей деятельности воевал примерно в одном и том же районе, является весомым аргументом в пользу партизанского характера его деятельности.
Чапаев — Фурманову. Уфа, июнь 1919 года: «Товарищ Фурман. Прошу обратить внимание на мою к Вам записку, я очень огорчён Вашим таким уходом, что Вы приняли мое выражение на свой счет, о чём ставлю Вас в известность, что Вы ещё не успели мне принести никакого зла, а если я такой откровенный и немного горяч, нисколько не стесняясь Вашим присутствием, и говорю всё, что на мысли против некоторых личностей, на что Вы обиделись, но чтобы не было между нами личных счётов, я вынужден написать рапорт об устранении меня от должности, чем быть в несогласии с ближайшим своим сотрудником, о чём извещаю Вас как друга. Чапаев».
При этом Чапаев сумел вписаться в структуру РККА и был в полной мере использован большевиками в их интересах. Он был отличным командиром дивизионного уровня, хотя далеко не все в его дивизии обстояло благополучно, особенно по части дисциплины. Достаточно отметить, что по состоянию на 28 июня 1919 г. во 2-й бригаде дивизии процветало «безграничное пьянство, безобразия с посторонними людьми — это показывает совсем не на командира, а на хулигана». Командиры конфликтовали с комиссарами, имели место даже случаи побоев. Сложными были взаимоотношения Чапаева и комиссара его дивизии Д. А. Фурманова, познакомившихся в марте 1919 г. Они дружили, но порой ссорились из-за взрывного характера начдива.