19 марта корвет «Скобелев» поднял якорь и направился в пролив между островком Били-Били и материком Новой Гвинеи. По берегу большой толпой бежали туземцы, вопившие: «О, Маклай! О, Маклай! Еме-ме! Еме-ба! Гена!» Они словно предчувствовали, что никогда уже больше не увидят своего друга.
От Новой Гвинеи корвет взял курс на острова Адмиралтейства, затем на Филиппинские острова, где простоял в Маниле несколько дней, а потом направился на север, во Владивосток. Но Миклухи-Маклая уже не было на его борту. В Маниле он пересел на испанский пароход, шедший в Гонконг, а оттуда с почтовым пароходом через порты Дарвина и порты восточной Австралии благополучно прибыл в Сидней в июне 1883 года.
В Сиднее Миклуху-Маклая ждала большая неприятность: во время его отсутствия сгорел его коттедж, причем погибла часть ценнейших коллекций, собранных им с такими усилиями. Ему пришлось временно поселиться в здании новой биологической станции. Оно еще не было окончательно оборудовано и вообще оказалось мало приспособленным для жилья, хотя заключало в себе рабочие кабинеты и спальни для шести лиц. Стояло это здание обособленно, недалеко от входа в гавань, в нескольких м>илях от Сиднея, сообщение с которым поддерживалось только пароходом, приходившим утром и уходившим вечером.
Несмотря на полное отсутствие каких-либо удобств, Миклуха-Маклай, поселившись на станции, целые дни проводил за работой в кабинете, наполненном книгами и банками с различными препаратами. В сущности говоря, это и был расцвет научной работы станции, так как после отъезда Миклухи-Маклая из Сиднея в Россию в 1886 году станция окончательно запустела, и через некоторое время ею воспользовались для опытов по искусственному рыборазведению. В 1887 году на ее месте была устроена база для миноносок.
Работая на своей станции, Миклуха-Маклай, сначала изредка, а потом все чаще, стал навещать семью бывшего премьер-министра Нового Южного Уэльса, сэра Робертсона, жившего в своем имении «Clobelly», в двух километрах расстояния от морской зоологической станции. Скоро стало ясно, что его привлекает общество молодой и красивой Маргариты Робертсон, дочери бывшего премьера. Чувство русского ученого не осталось неразделенным. Не только громкая слава о его путешествиях, но и внешность, полная мужества и своеобразной красоты, привлекала к нему людей. Вот как описывает внешность Миклухи-Маклая один из его современников: «Над высоким лбом поднимались у него обильные кудри рыжевато-шатеновых волос; небольшие усы и коротко подстриженные баки и борода окаймляли узкое бледное лицо с прямым, правильным носом и большими мечтательными глазами. Личность его внушала симпатию женщинам, но он сам предпочитал одиночество и не любил женского общества».