Вместе с туземной флорой острова погибла и его фауна. Все животные, которые населяют ныне остров Мадейра ввезены были колонистами, в том числе и грызуны: кролики и крысы, опустошающие сады и поля прекрасного острова.
Население Мадейры смешанного происхождения. Первыми поселенцами были португальцы, затем приходили искать убежища евреи и мавры; негров привозили в качестве невольников; англичане, владевшие Мадейрой в эпоху наполеоновских войн, оставили после себя многочисленные семейства. Когда же остров очутился на большой дороге океанского пароходства, там поселилось еще много европейцев. Тем не менее, господствующая раса — португальцы — постепенно поглощает эти разнородные элементы; почти все жители Мадейры имеют черные глаза, густые и темные волосы; у большинства из них цвет лица смуглый, что приписывают влиянию скрещивания с африканцами.
Это естественное смешение самых различных рас дало Миклухе-Маклаю возможность произвести интересные антропологические наблюдения. Уже тогда у него впервые появилась мысль о необходимости длительного изучения людей в первобытной обстановке, чтобы решить вопрос о сущности расовых особенностей.
На Мадейре Миклуха-Маклай мог также убедиться в том, какую огромную роль играют социально-экономические факторы в физиологическом развитии человека. Несмотря на прекрасный климат острова, бедственное материальное положение трудящегося населения является постоянным источником многочисленных болезней, которым подвержены жители Мадейры. Они питаются здоровой пищей, главным образом кукурузой, иньямом, сладкой бататой, картофелем с прибавкой съедобных корней, плодами и рыбой, но этой пищи никогда не бывает у них в достаточном количестве. Что же касается жилищ, то чаще всего — это темные и сырые пещеры с каменными стенами, пристроенными к скале. Немудрено, что женщины, проводящие большую часть дня в этих логовищах, почти поголовно страдают болезнями, вызываемыми недостатком воздуха и света.
Благодатная природа острова могла бы обеспечить население полностью продуктами питания, но порядок землевладения, установившийся на Мадейре, обрекал большинство населения на голод. Почва и источники орошения все еще принадлежали потомкам прежних феодалов. Именно по этой причине за время с 1835 по 1859 год, когда были большие неурожаи, более пятидесяти тысяч мадейрцев покинули родной край в поисках лучшей доли.
С острова Мадейра научная экспедиция отправилась на Канарский архипелаг. Это те самые «острова Блаженных», о которых говорят греческие поэты, острова, где герои наслаждались вечной жизнью, в восхитительном климате, где неведомы были ни холод, ни бури. Правда, ни один тогдашний географ не мог указать точно местоположения этих «счастливых островов». В сознании древних они смешивались со всеми атлантическими землями, лежащими в великой «реке Океане», по ту сторону «Ворот Геркулеса».