Миклуха-Маклай удивлялся жестокости, с которой наказывали неугодных султану лиц. В государственных тюрьмах томились несчастные, головы которых были продеты в железные ошейники, заставлявшие их все время оставаться в стоячем положении. Многие тюрьмы представляли собой вонючие клоаки, где забитые арестанты умирали голодной смертью. Наказания были ужасны: людям сжимали кулаки так, чтобы ногти впивались в живое мясо, предварительно разрезанное ножом; нарастающая свежая кожа сращивала пальцы с ладонью и делала людей навсегда калеками.
Миклуха-Маклай видел, что деятельность европейцев в Марокко была направлена не на то, чтобы внести культуру и цивилизацию в эту прекрасную страну, а только на порабощение туземцев, на их зверскую эксплоатацию в целях обогащения их завоевателей.
Наблюдая действия «цивилизаторов», Миклуха-Маклай много размышлял о судьбе народов колоний, задыхавшихся под железной пятой европейского империализма. И уже тогда созревали в нем идеи, осуществлению которых он отдал потом всю свою жизнь.
В 1868 году Миклуха-Маклай отправился для продолжения работы по сравнительной анатомии в Сицилию. Он поехал вместе с доктором Дорном, который был горячим пропагандистом идеи о необходимости устройства морских зоологических станций, где ученые могли бы наблюдать животных не в музейной или лабораторной обстановке, а в условиях окружающей их естественной среды.
Миклуха-Маклай горячо поддерживал эту мысль Дорна, не раз высказывая убеждение, что первым условием научно-исследовательской работы должно быть непосредственное ознакомление с материалом на месте и что только в результате накопления большого числа строго проверенных фактов можно делать окончательные выводы, не торопясь с преждевременными обобщениями и смелыми гипотезами.
Работа Миклухи-Маклая и доктора Дорна в Сицилии была очень плодотворна. Через несколько лет их мечта осуществилась: там была основана первая в мире морская зоологическая станция.
В 1869 году Миклуха-Маклай предпринял новое путешествие. На этот раз он отправился на восток, в бассейн Красного моря. Целью второго путешествия были проверка и пополнение некоторых данных, полученных им при зоологических изысканиях на Канарских островах.
Это путешествие требовало большой выдержки, бесстрашия, железной выносливости и огромной инициативы. Миклуха-Маклай показал, что он обладает всеми этими качествами в полной мере.
Красное, или Чермное, море, отделяющее Аравию от Абиссинии и Египта, тянется узкой полосой на протяжении 2200 километров от Суэцкого канала до пролива, который носит название Баб-эль-Мандебского, что в переводе означает «Ворота умирающих». Европейцев, путешествующих в летние месяцы по Красному морю, прежде всего пугает жара. Она томительна в штиль и нестерпима, когда дует ветер из пустыни. Между различными гипотезами, которые были предложены для объяснения происхождения названия «Красного» моря, наиболее правдоподобна та, которая придает ему смысл «жаркого». Багровое небо, отражающееся в море, ослепительный блеск господствующих над ним гор и скал, раскаленный воздух — таковы будто бы причины, заставившие назвать это море «жарким», «красным».