Выехав немедленно из Сиднея в Мельбурн, он застал Русскую эскадру готовой к отплытию. Командующий эскадрой с полным радушием встретил знаменитого соотечественника и распорядился предоставить ему комфортабельную каюту на клипере «Вестник».
На «Вестнике» Миклуха-Маклай доехал до Сингапура, эскадра должна была задержаться на некоторое время, и пересел на другой русский военный корабль — «Азия»,
отправлявшийся через Суэцкий канал в Европу. На «Азии знаменитый путешественник прибыл благополучно в Геную, где в то время находился русский броненосец «Петр Великий», отправлявшийся прямым курсом в Кронштадт. Пересев на броненосец, Миклуха-Маклай в сентябре 1882 года вернулся в Россию после более чем двенадцатилетнего отсутствия, завершив таким образом свое кругосветное плавание на военных судах русского флота.
Немедленно по прибытии на родину Миклуха-Маклай развернул энергичную деятельность. В начале октября 1882 года он уже выступает на открытом собрании Русского географического общества с обширным докладом о результатах своих путешествий. Доклад собрал многочисленную аудиторию; переполненный зал восторженными рукоплесканиями приветствовал знаменитого русского путешественника.
Но Миклуха-Маклай знал, что большинство членов Географического общества не сочувствовало его демократической и гуманистической деятельности. Поэтому он закончил свой доклад следующими замечательными словами: «Если заметят, что я ни слова не говорю о новооткрытых видах райских птиц, сотнях и тысячах редких насекомых, меня, может быть, удивляясь, спросит ревностный зоолог отчего я, ради вопросов по этнологии, которая не составляет моей специальности, отстранил от себя собирание коллекций. Я отвечу на это, что те же райские птицы и бабочки будут летать в Новой Гвинее и в далеком будущем, между тем как почти наверное, при повторных отношениях с белыми, не только нравы и обычаи теперешних папуасов исказятся, изменятся и забудутся, но может случиться, что будущему антропологу придется разыскивать чистокровного папуаса в его примитивном состоянии в горах Новой Гвинеи, подобно тому, как я искал оран-семи в лесах Малаккского полуострова. Время, я уверен, докажет, что при выборе моей главной задачи я был прав».
В том же месяце Миклуха-Маклай прочитал четыре публичные лекции в Петербурге, а затем отправился в Москву, где выступил на публичном собрании «Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии» в Политехническом музее. Миклуха-Маклай не был блестящим оратором, но его выступления всегда вызывали широкий интерес и сочувственное отношение публики. В московских и петербургских газетах давались подробные отчеты о лекциях знаменитого путешественника. «Общество любителей естествознания» присудило ему золотую медаль за его работы по антропологии и этнографии папуасов.