Перед общиной стояли и другие задачи: издание еврейского календаря, открытие магазина кошерного мяса, получение белой муки для выпечки мацы. Летом 1948 года община, собрав деньги, отправила р. Каца в Москву для решения этих проблем, но Совет по делам религиозных культов разрешений на эту деятельность не выдал.
Чтобы уменьшить активность еврейской общины, партийные и советские органы начали оказывать давление на руководителей предприятий, отпускавших работников на религиозные праздники. Если на Йом-Кипур 1948 года почти 600 биробиджанцев пришло в синагогу выразить своё отношение к самому знаменательному празднику еврейского народа, то в 1949 году, на Йом-Кипур, синагогу посетило около 450 человек, а в 1950 году — почти 350 прихожан.
Религиозная община постепенно утрачивала своё влияние. Если в марте 1948 года в ней было зарегистрировано 300 человек, то на 1 июня — всего 43 человека. Снизилась посещаемость синагоги прихожанами: после мая 1948 года в пятницу в синагоге бывало 25–30 человек, в субботу — от 60 до 100 человек. Резко сократились денежные сборы, в связи с чем несколько месяцев кантор синагоги С. Каплун не получал жалование. Зимой 1948–1949 года из-за того, что не было средств на отопление, синагога часто была закрытой.
Оценивая сложившуюся в 1949 году обстановку, Б. Гребенников отмечал, что резкое сокращение посещений синагоги верующими в Биробиджане произошло потому, что обком ВКП(б) и горком партии крепко прижали кое-кого из членов, кандидатов в члены партии и городских руководящих работников, близкие родственники которых посещали синагогу и совершали религиозные обряды. Во время этих гонений община лишилась раввина. По сведениям из архивов Хабаровского края, на 1 октября 1950 года председателем правления общины стал Лейб Гершевич Гефен, 1880 года рождения, проходивший по документам как иждивенец.
Сложным в жизни еврейской общины стал 1950 год. В справке «О религиозном движении и деятельности религиозных культов по Еврейской автономной области», которую Б. Гребенников в октябре 1950 года направил в Хабаровский крайком ВКП(б), сообщалось о всё ещё сохранявшейся в Биробиджане нездоровой обстановке. Под грифом «Секретно» он направляет секретарю обкома ВКП(б) ЕАО Адаскину список «активных религиозников». В нём были отмечены члены правления, члены ревизионной комиссии, кантор общины, большинство из которых родились до 1900 года и давно были на пенсии.
В октябре 1950 года Б. Гребенников пишет в справке: «По Еврейской автономной области имеется официально зарегистрированная одна еврейская религиозная община в г. Биробиджане, в которой числится верующих, постоянно посещающих синагогу, 57 чел. Из них 39 мужчин, 18 женщин…. Периодически посещающих синагогу, особенно в дни больших праздников Йом-Кипур, Рош-Гошано (так в тексте —