Однако вместо того, чтобы вернуться на покалеченный корабль, Албукерки приказал капитану обрубить якорную цепь «Тринидада» и направиться к Индии. Через несколько часов «Флор де ла Мар» разломился и скрылся в пучине. Только три человека смогли выжить, доплыв до берега. По достижении Индии Албукерки написал королю: «Мы потеряли величайшее сокровище, какое я когда либо видел на земле».
Как только шторм затих, суматранские ныряльщики и рыбаки собрались на месте кораблекрушения и подобрали все, что было возможно. Однако большая часть драгоценного груза затонула на глубине тридцати семи метров, где скрылся, соскользнув с рифа, корпус судна. Шкипер «Флор де ла Мар» был одним из тех, кто покинул тонущее судно вместе с Албукерки. И хотя он указал на карте место гибели корабля, затонувшие сокровища были забыты.
«В 1961 году я обнаружил эту карту сокровищ, а также стал натыкаться на постоянные упоминания о трагедии, — пишет подводный археолог Роберт Маркс. — Я буквально помешался на идее поисков затонувшего судна, лежащего в индонезийских водах. Год за годом тщетно обращался я к правительству Индонезии за разрешением на поиски и исследование «Флор де ла Мар».
Этот знаменитый корабль снова попал в поле зрения в 1988 году, когда два охотника за сокровищами, итальянец Бруно де Винсентис и австралиец Пол Андел, заявили, что обнаружили его, используя сложное электронное сканирующее снаряжение со спутника, принадлежавшего США. Заявляя, что у них имеется соглашение с правительствами Малайзии и Индонезии, они принялись собирать значительные суммы с инвесторов во многих странах. Когда стало известно, что ни одно из государств не давало разрешения и сам факт находки подвергся сомнениям, эти два человека исчезли. Тем не менее их заявление о том, что сокровища судна оцениваются примерно в восемьдесят миллиардов долларов, взволновало всех искателей приключений и примерно через несколько недель более шестидесяти поисковых компаний подали заявления официальным лицам в Джакарте и Куала-Лумпуре.
В связи с тем что корабль залег в индонезийских водах, официально судно является собственностью Индонезии. Однако правительство Малайзии утверждает, что большая часть сокровищ принадлежит их стране, поскольку они были награблены в Малакке.
В конце концов правительство Индонезии согласилось вернуть Малайзии только те ценности, которые принадлежали султану Малакки.
Правительство Индонезии предоставило эксклюзивное разрешение на поиски П. Т. Джаятаме Истикаципте, представителю могущественной местной группировки в Джакарте. После этого в Сингапуре была создана поисковая компания. Ее возглавил бизнесмен по имени Тжетти, у которого уже был опыт работы под водой на островах Риау. Он организовал команду, состоявшую из австралийских и американских водолазов, работавших в нефтяной индустрии. У них имелось три судна и новейшее поисковое снаряжение, но, потратив год и восемь миллионов американских долларов, они так и не смогли найти корабль с сокровищами португальского адмирала.