Задержка галеонов в Веракрусе осложнила предстоящий переход через океан: были пропущены все сроки относительно безопасного плавания в Западной Атлантике, где с приходом осени нередки свирепые штормы и ураганы. Тем не менее в начале сентября эскадра из 26 галеонов под командованием адмирала Хуана де Вилья Винсенсио, державшего свой вымпел на «Консепсьоне», вышла в Мексиканский залив.
После непродолжительной стоянки в Гаване для ремонта такелажа эскадра покинула Кубу и вскоре у побережья Флориды попала в жестокий шторм, выбросивший несколько галеонов на отмели. «Консепсьон», изрядно потрепанный гигантскими волнами, перекатывавшимися даже через его высокую корму, отделался потерей почти всех мачт.
Понимая, что следовать через Атлантику опасно, адмирал Хуан де Вилья Винсенсио принял решение идти в Пуэрто-Рико. Однако отвечавшие за прокладку курса штурманы ошиблись. Вопреки предложению адмирала двигаться дальше на восток, штурманы настояли на том, чтобы повернуть на юг. Это привело к тому, что «Консепсьон» очутился в изобиловавших рифами и банками прибрежных водах Испаньолы.
Спустя неделю галеон наскочил на риф. Его корма застряла между двумя огромными коралловыми массивами, а нос погрузился под воду. И все же адмирал попробовал спасти галеон. Он приказал сбросить в море закрепленные на верхней палубе сундуки с серебром. Когда нос корабля обрел плавучесть, на воду спустили единственную большую шлюпку, чтобы попытаться снять галеон с рифа.
Возможно, с помощью буксира он вырвался бы из коралловой западни, если бы не налетевший тропический ураган.
Галеон затонул, а из пятисот четырнадцати членов экипажа и пассажиров спаслись лишь сто девяносто. Остальные захлебнулись в бушующем прибое или были разбиты волнами о коралловые рифы.
Гибель флагманского корабля «серебряного» флота стала для испанской казны, пожалуй, самой крупной потерей на море в XVII веке. Адмирал Хуан де Вилья Винсенсио предстал перед судом, на котором в качестве свидетелей выступили уцелевшие матросы. Их показания спасли адмирала от сурового наказания. Все свидетели были едины в положительной оценке действий дона Хуана, поэтому суд вынес ему оправдательный приговор.
Но вот судьба драгоценного груза галеона сложилась не-удачно. Многочисленные экспедиции, посылавшиеся королем Испании для его розыска, оказались безрезультатными. Только в 1687 году, через сорок пять лет после катастрофы, американский корабел Уильям Фипс сумел найти место кораблекрушения. С помощью индейцев племени лукейя, промышлявших ловлей жемчуга, ему удалось достать со дна почти тридцать тонн серебра. Судя по сохранившимся в Веракрусе документам, это составляло чуть больше десятой части груза галеона.