Каким образом Экзюпери оказался за штурвалом самолета 31 июля 1944 г., до сих пор не совсем понятно. По некоторым источникам, его непосредственный командир и близкий друг генерал Рене Гавуаль не давал Антуану разрешения на этот полет. Разведывательную миссию должен был выполнить другой пилот, но Экзюпери, не поставив в известность командование, поменялся с ним и отправился в свой последний роковой рейс.
В 8:30 утра 31 июля майор авиации Антуан де Сент-Экзюпери вылетел на своем «Лайтинге» с Корсики в направлении Прованса, где готовилась высадка десанта союзников. Он должен был совершить аэрофотосъемку в районе Альп — территории, занятой германскими войсками — и вернуться на свой аэродром через 6 часов с результатами разведки. Полет находился под контролем американских радаров. Достигнув почти самого побережья, «Лайтинг» внезапно исчез с радаров, не долетев нескольких миль до небольшого городка Сен-Рафаэль, находящегося на Лазурном берегу.
К истечению шести часов, на которые был рассчитан запас горючего на «Лайтинге», все летчики эскадрильи собрались на аэродроме, с тревогой ожидая возвращения своего товарища и не веря в его гибель. Даже после того, как время вышло, они не расходились, надеясь на чудо. Лишь после трехчасового ожидания в рапорте было зафиксировано: «Пилот не вернулся, считать пропавшим без вести».
В течение нескольких десятков лет никто не мог пролить свет на внезапное исчезновение прославленного пилота и писателя. В протоколах Люфтваффе в этот день не было зафиксировано ни одного сбитого французского самолета в районе исчезновения Экзюпери. Высказывалось предположение, что самолет разбился в Альпах, и долгое время эта версия считалась единственной.
Лишь в 1998 г., по невероятной случайности, удалось установить подлинное место крушения самолета. Французский рыбак Жан-Клод Бьянко, выбирая рыбу из сети, заметил в комке тины блестящий предмет, которым, к его величайшему изумлению, оказался серебряный браслет с выгравированными на нем именами Антуана де-Сент Экзюпери и его жены. Эта находка дала надежду найти самолет на дне Средиземного моря близ Марселя и понять, что же случилось в тот роковой день. Кроме того, она подтвердила давние догадки профессионального французского водолаза Люка Варнеля. Он неоднократно совершал погружения в этом районе и предполагал, что обнаруженные им обломки не были останками самолета германских ВВС. По его мнению, эти останки по внешнему виду совпадали с описанием самолета Антуана де Сент-Экзюпери.
После нахождения браслета французское правительство в течение нескольких лет не давало официального разрешения на проведение поисков на дне моря в этом районе. Лишь в 2003 г. специалисты были допущены до поисков и смогли поднять со дна фрагменты разрушенного самолета. По серийным номерам было точно установлено, что это действительно тот самый самолет, на котором Антуан де Сент-Экзюпери совершил свой последний полет.