В конце 1965 года начальник внешней разведки А.М. Сахаровский подписал следующую характеристику на И.И. Агаянца:
«Полковник Агаянц И.И. в разведке работает более 30 лет, с 1940 года — на руководящих должностях, трижды находился в долгосрочных командировках в капиталистических странах, причем дважды в качестве резидента КГБ. Завербовал несколько ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения весьма важной документальной информации.
С 1959 года работает начальником отдела активных мероприятий.
И.И. Агаянц обладает обширными знаниями. Исключительно инициативен и трудолюбив, в коллективе пользуется большим авторитетом как один из наиболее квалифицированных и заслуженных сотрудников разведки.
В настоящее время И.И. Агаянц занимает должность, которая по перечню должностей не подлежит замещению генералами. Однако, учитывая заслуги и многолетнюю деятельность И.И. Агаянца в органах разведки, а также то, что он многие годы занимал должности, подлежащие замещению генералами, считаем возможным в порядке исключения представить его к присвоению звания генерал-майора».
16 декабря 1965 года Совет Министров СССР принял постановление о присвоении Ивану Ивановичу Агаянцу звания генерал-майора.
Выходцем из подразделения, которым руководил Агаянц, являлся и будущий заместитель председателя КГБ СССР—начальник Второго главного управления генерал-полковник Григоренко Григорий Федорович. В 1959—1961 годах он занимал должность заместителя Агаянца, а с марта 1962 по 1969 год возглавлял подразделение внешней контрразведки.
До 1954 года в структуре внешней разведки не было подразделения, которое занималось бы разработкой спецслужб противника и обеспечением безопасности разведывательной деятельности резидентур. В июне 1954 года оно было создано. Концентрация контрразведывательной работы в рамках одного подразделения, укомплектованного опытными сотрудниками, принесла свои плоды. Внешняя контрразведка сумела добиться ощутимых результатов. Так, приобретенный в аппарате министерства юстиции США источник внешней контрразведки за несколько лет сотрудничества передал советской разведке около пяти тысяч копий документов о работе ФБР против граждан и учреждений СССР в США.
На территории Западной Германии только от одного из источников были получены документальные данные на несколько сот американских агентов, занимавшихся вербовкой советских граждан.
Ценным источником внешней контрразведки был кадровый сотрудник английской разведки Джордж Блейк. Ранее большой объем материалов о структуре, кадрах и оперативной деятельности разведок Англии и США, в том числе и о заброске американской и английской агентуры на территории СССР и стран народной демократии, был получен от Кима Филби.