Оснащение ракеты в зависимости от планируемой дальности и необходимости применения средств преодоления ПРО могло включать до 10 боевых блоков. Их характеристики были близки к американским боевым блокам аналогичного класса.
После отделения боевой ступени жидкостная двигательная установка 15Д264 выводила ступень в заданную точку пространства, где ЖРД малой тяги разворачивали боевую ступень платформой вперед и, соответственно, отделяющимся боевым блоком назад. В нужный момент, после срабатывания пиропатронов крепления происходило безимпульсное отделение боевого блока. После отделения боевого блока ЖРД малой тяги отводили ступень в сторону и разворачивали ступень платформой назад для запуска ЖРД большой тяги, который выводил ступень в точку отделения следующего боевого блока. Процедура повторялась для каждого боевого блока.
Близкая схема разведения боевых блоков использовалась и в тяжелых МБР РС-20, разработанных также КБ «Южное». Этот столь нетрадиционный способ отделения полезной нагрузки вызывал большое удивление владельцев космических аппаратов, запускавшихся позднее на ракете-носителе «Днепр», представлявшей собой доработанные ракеты РС-20. Но точность выведения космических аппаратов была очень высокой, и все к этой схеме быстро привыкли.
Перечисленные выше технические решения были внедрены на этапе разработки эскизного проекта БЖРК с ракетой 15Ж52. Унификация ракет 15Ж44 и 15Ж52 составляла 92%. Однако имелись и серьезные отличия ракет.
Разница была в конструкции наконечников обтекателя ракеты. Для ракеты со стационарным стартом 15Ж44, требующей большей стойкости, ведь ей бы пришлось при ответном или ответно-встречном ударе проходить через облако разнообразных твердых частиц, он был сделан складным из двух прочных половинок — полуконусов. Они схлопывались сразу после выхода ракеты из ТПК. Считалось, что для БЖРК воздействия будут не такими сильными и у ракеты, предназначенной для него, наконечник обтекателя был выполнен более легким, надувным. Металлическая плоская гофрированная вставка на носовой части обтекателя после выхода ракеты из ТПК под действием внутреннего давления, создаваемого специальным аккумулятором давления, в полёте распрямлялась, приобретая вид конуса вращения. Это сокращало длину ракеты, что было очень важным с точки зрения ее размещения в стартовом вагоне. Отсутствовало и многофункциональное покрытие на боковой поверхности второй ступени ракеты для БЖРК.
Отличались схемно-конструктивные решения и по системе управления и системе прицеливания. Отличалась и конструкция ТПК, ведь условия нахождения в нем ракеты у стационарного и железнодорожного стартов были радикально другими. Часть оборудования, размещавшегося в стационарном комплексе на корпусе ТПК, в железнодорожном была вынесена в вагоны.