Вертикальное бронирование оказалось существенно сильнее, чем у крейсеров предыдущих типов. Согласно первоначального проекта общее бронирование посчитали недостаточным и решили усилить вертикальную броню с 18 по 138 шпангоут (переднее расположение броневого пояса), а переднюю броневую переборку передвинуть вперед. Толщину верхней и нижней (бронированной) палуб в этом районе также увеличили.
3 января 1910 г. первый морской лорд Фишер утвердил эти изменения. Общий вес их вертикальной брони составлял 3878 т (60,6% общего веса брони), но в процентном отношении это было меньше, чем у его германского двойника "Зейдлица".
Различия в бронировании "Лайона" и "Принсес Роял", по сравнению с "Индефатигейблом", заключалось в следующем: главный броневой пояс был на 77 мм толще напротив погребов боезапаса в средней части корпуса, котельных и машинных отделений, в районе погребов боезапаса передних башен и на 25,4 мм в районе кормовой башни. 127-152-мм верхний броневой пояс установили в районе между верхней и главной палубами для защиты погребов боезапаса, котельного и машинного отделений, чего вообще не было на "Индефатигейбле". Общая толщина бронирования палуб была на 51 мм меньше над погребами боезапаса и на 13 мм над энергетической установкой; максимальная толщина бронирования барбетов увеличилась на 51 мм; продольные бронированные экраны имели толщину 64-51-64 мм по сравнению с 51 мм на "Индефатигейбле".
Вертикальное бронирование борта состояло из верхнего и главного (нижнего) броневого пояса из крупповской цементированной брони. Оно покрывало борт крейсера до верхней палубы и от передней боевой рубки до кормовой переборки помещения главных конденсаторов. Главный броневой пояс толщиной 229 мм и длиной 116 м простирался от переднего конца передней боевой рубки до внутренней стороны барбета башни "Y". Его верхний край проходил на уровне главной палубы на 2,59 м выше ватерлинии при нормальном водоизмещении. Нижний край уходил под воду на 0,91 м ниже нормальной ватерлинии (1,07 м при водоизмещении в полном грузу). Вся ширина главного броневого пояса составляла 3,5 м.
Далее в носовую часть броневой пояс простирался толщиной 152-127-102 мм на той же высоте, что и средняя часть главного броневого пояса толщиной 152 мм, на длину 14 м до внутренней стороны барбета башни "А" и 127 мм на длину 8,5 м в районе барбета этой башни, после чего на длине 26 м он уменьшался до 102 мм, не доходя 15,2 м до форштевня. В кормовую оконечность главный броневой пояс продолжался толщиной 127-102 мм на длине 11,3м на той же высоте, что и средняя часть, оканчиваясь в 22,3 м от кормы. Общая длина прикрытой броневым поясом части корпуса по ватерлинии составляла 175,8 м (82,6% длины корпуса по ватерлинии). По концам бронированных поясов в носу и корме корпуса установили поперечные 102-мм броневые переборки.