Летом 1847 года, когда художник гостил в Неаполе у Апраксиных, он сделал попытку изложить свои размышления в связной форме. Сочинение, занимающее небольшую тетрадку, он назвал «Мысли, приходящие при чтении библии». Название это не вполне соответствует содержанию рукописи. Правда, многое в этом сочинении действительно навеяно библейскими текстами, с которыми Иванов был близко знаком и многие из которых он помнил наизусть. Но наряду с этим он говорит и о событиях современной жизни, много места уделяет своим мечтам, настроениям и воспоминаниям. В странной, беспорядочной последовательности художник пытался закрепить поток своих переживаний, раздумий и образов, которые переполняли и волновали его.
«Мысли» Иванова — единственное в своем роде сочинение и по своему содержанию и по форме изложения. Если подходить к ним, как к философскому трактату, придется признать в нем отсутствие элементарной последовательности, отрывочность и бездоказательность. Если, основываясь на ярких образах, страстном чувстве, рассматривать «Мысли» как поэтическое создание, бросается в глаза стилистическая беспомощность автора. Главное значение «Мыслей» в том, что они дают представление о том накале чувств и духовном напряжении художника, которыми сопровождалось его творчество. Если бы от Иванова сохранились только его «Мысли», но не было его дивных живописных созданий, они потеряли бы для потомства интерес. Но поскольку свои мысли и чувства Иванов сумел с несравненной полнотой и чистотой выразить карандашом и кистью в рисунках и картинах, его неуклюжая поэма приобретает значение творческого дневника, комментария неумелого писателя к делу рук замечательного художника.
Иванов приступает к своим записям в покаянном настроении. Он вспоминает о первых людях, об изобретении плуга — ради того, чтобы призвать самого себя к труду, высказать намерение окончить свой многолетний труд. Для этого необходимо удалиться от людей и сосредоточиться. С горечью говорит он о своих товарищах художниках. «Искушений тысяча, против которых нет сил устоять», — признает он, каясь в своем честолюбии, высокомерии. Он корит себя за лень, бездеятельность, дает обет заняться проектом храма в память победы русских в 1613 году, перечисляет свои недостатки: необразованность, душевную неуравновешенность, зависть к успехам других. Ведь высокая цель русского художника «смягчить нрав государя на благо моего отечества». И вот ему уже рисуется светлая утопическая картина: «Придет время, что перед ужасным делом царя будут посылать художников к нему с их произведениями, чтобы расположить его к милости и укротить». Одними просьбами к начальникам академии можно будет поправлять все их подлости. Бороды и кафтаны художников заставят царя принять меры, чтобы полиция лучше обращалась с простым народом. «Нужно сделаться постоянным сторожем спокойствия собственного. В глубоком спокойствии только можно найти всеместную гармонию». Тогда только художник станет «жрецом будущей России». Обычные зрители замечают лишь части произведения, гений имеет возможность охватить их совокупность.