Появление немецких парашютистов в окрестностях Каунаса оказалось совершенно неожиданным как для войск, так и всех жителей города, до предела обострив оперативную обстановку. Но совместными усилиями личного состава 1-го мотострелкового полка войск НКВД оперативного назначения, 107-го пограничного отряда и наспех сформированных истребительных батальонов удалось предотвратить захват города десантом немцев во взаимодействии с националистическими группами и обеспечить тем самым хотя и срочную, но эвакуацию населения.
26 июня 1941 года в предместьях Риги был выброшен десант немцев, который совместно с националистическими группами «айзсаргов» пытался проникнуть в город, но личным составом 5-го мотострелкового полка десант и его помощники были уничтожены. 28 июня полевые части противника стали приближаться с запада к Риге. Частей и подразделений Красной Армии на его пути не оказалось. Возникла опасность, что передовые части немцев подойдут к рижским мостам через Даугаву раньше, чем туда прибудут части 10-го стрелкового корпуса Красной Армии. В связи с создавшейся ситуацией по приказу начальника войск по охране тыла Северо-Западного фронта на защиту переправ в Риге были поставлены имеющиеся в наличии подразделения мотострелковых полков. На борьбу с бандами националистов в городе и его окрестностях были направлены, кроме того, один батальон конвойных и два подразделения пограничных войск. Личный состав войск НКВД оперативного назначения вел в Риге бои до 30 июня и покинул город по приказу.
По мере ухудшения военной обстановки войска НКВД, находившиеся в прифронтовой полосе, оказались в подчинении Военных советов фронтов, стали привлекаться к выполнению боевых задач в интересах военного командования. Так, при отходе войск Северо-Западного фронта полки войск НКВД оперативного назначения получили задачу в качестве арьергарда обеспечить отход из Прибалтики войск Красной Армии. За время отхода личный состав применял самостоятельно выработанную тактику «подвижной обороны». В этом случае часть личного состава одного из полков занимала выгодный в тактическом отношении рубеж для организации засады, другие подразделения в это время отходили, на новом выгодном рубеже садилась вторая группа, обеспечивая отход полков и личного состава первой засады, затем на выполнение аналогичной задачи назначалась третье подразделение[191].
С началом отхода Южного фронта по решению Военного совета части войск НКВД по охране тыла прикрывали фланги отходящих войск. Такую же задачу решали подразделения и части войск НКВД по охране тыла в период отхода войск Юго-Западного фронта