Однако оперативно-боевые действия войск НКВД в прифронтовой полосе длились недолго. В силу сложившихся обстоятельств Военные советы фронтов начали привлекать части НКВД к выполнению задач по охране и обороне важных объектов военного значения. Борьба с бандами и националистическими формированиями сама собой отошла на второй план. Нередко командиры частей НКВД имели оперативную информацию о местонахождении банд националистического или уголовного толка и даже диверсионных групп, но вынуждены были не реагировать на ситуацию, продолжая выполнять распоряжения вышестоящих инстанций. Подобного рода примеры можно было наблюдать в использовании Таллиннского и Рижского полков оперативного назначения и пограничных частей войск НКВД в Прибалтике. Результаты сказались незамедлительно. Так, за первые семь дней войны в прифронтовой полосе Северо-Западного, Западного и Юго-Западного фронтов было ликвидировано только 15 диверсионных групп и националистических бандформирований, в то время как от одного полка «Бранденбург-800» на тех же территориях находились свыше 100 диверсионных групп[76].
В начале войны диверсионные и другие враждебные формирования действовали, как правило, в оперативном тылу обороняющихся войск Красной Армии, потому борьба с ними велась частями войск НКВД, расположенными поблизости. Организация операций, как правило, проводились в спешке, в условиях дефицита времени, без наличия достоверных данных о противнике, без достаточного количества личного состава. Основным способом операций являлся поиск в неблокированном районе цепью или поиск по направлениям разведывательно-поисковыми группами.
Отсутствие информации о противнике вынуждало командование частей в ходе принятия решений об операции задействовать большие площади на ее проведение. Потому операции выборочным поиском, как и поиском в неблокированном районе, применялись достаточно часто. Проводились операции в сжатые сроки, тем не менее нередко они заканчивались с положительными результатами. Объяснить их можно тем, что после получения оперативной информации о противнике и до момента его захвата или уничтожения проходило минимум времени, не более 3–6 часов[77]. Большая затрата времени чаще приводила к тому, что противник успевал поменять место пребывания, а для ведения преследования требовалось много времени, которого у личного состава не было. Обстановка в прифронтовой полосе менялась часто, уходить от своей части надолго было делом непозволительным, отставших от своих частей военнослужащих и без того было множество.