К началу осени 1941 г. сформировалась более или менее единая форма организации службы по охране тыла действующей армии. Распределение и закрепление частей войск НКВД по охране тыла фронтов стало осуществляться на основании приказов НКВД СССР. Назначение рубежей и участков для выполнения служебно-боевых задач личным составом осуществлялось фронтовым Управлением войск НКВД по охране тыла. К тому времени в войсках уже имелся опыт службы в условиях военного времени. Однако организация службы в каждой конкретной обстановке имела свои особенности, в значительной мере зависящие от решаемых фронтом задач и его положения на театре военных действий. Обобщить накопленный опыт, сформулировать единые формы и методы службы по войскам пока еще никому не удавалось.
Так, на центральном направлении в соответствии с решением Государственного комитета обороны приказом НКВД СССР от 13 октября 1941 г. был создан штаб войск НКВД по охране тыла Московской зоны обороны, который формулировал свое понимание служебной деятельности исходя из реальной обстановки. К выполнению задач службы были привлечены шесть батальонов от 11-й и пять от 12-й дивизий войск НКВД по охране особо важных предприятий промышленности, части и подразделения Отдельной мотострелковой дивизии особого назначения (ОМСДОН), специально созданной для этого 2-й ОМСДОН, части и подразделения 36-й конвойной дивизии НКВД. Помимо обязанностей по несению службы войскового заграждения перед личным составом ставилась задача оборонять занимаемые рубежи на случай появления противника. Охрана железных дорог, станционных и иных объектов в МЗО была усилена подразделениями от 19-й дивизии войск НКВД по охране железнодорожных сооружений. Московская зона обороны подразделялась на 5 отдельных секторов, в каждом из которых службу войскового заграждения осуществляли по два батальона. ОМСДОН– 2 и часть сил ОМСДОН выполняли задачи по поддержанию общественного порядка и государственной безопасности непосредственно в Москве, усиленный резерв ОМСДОН находился в постоянной боевой готовности на случай высадки десантов противника. Соединение частью сил осуществляло, кроме того, службу по охране правительственной линии связи ВЧ на участках Московской зоны обороны.
Постановлением Государственного комитета обороны от 20 октября 1941 года в Москве и прилегающих районах было введено осадное положение. Перед войсками НКВД и милицией была поставлена задача поддерживать в зоне осадного положения строжайший общественный порядок. При этом войсковые и милицейские наряды наделялись особыми полномочиями: «Нарушителей порядка немедля привлекать к ответственности с передачей суду военного трибунала, а провокаторов, шпионов и прочих агентов врага, призывающих к нарушению порядка, расстреливать на месте»