Составной частью деятельности гарнизонов неизменно являлась работа фильтрационных пунктов. Особой обязанностью командования гарнизона была работа с местным населением по созданию бригад содействия с целью привлечения их к скорейшей очистке местности от враждебного и преступного элемента, налаживанию мирной жизни.
К концу 1943 года внутренними войсками была организована служба в 161 гарнизоне. Личным составом гарнизонов за годы войны выло задержано около трех тысяч лиц, из числа которых было выявлено 368 вражеских агентов, более полутора тысяч осужденных, бежавших из мест заключения, десятки тысяч разного рода преступного элемента[113].
В 1944–1945 годах основной задачей войск НКВД по охране тыла и внутренних войск являлась борьба с националистическими формированиями на территориях западных областей Белоруссии, Украины, Прибалтийских республик. Ожило большинство тех же самых враждебных формирований, которые существовали в тех местах в предвоенные годы и в начале Великой Отечественной войны. Отличались они тем, что количественный состав формирований значительно вырос, националисты имели на вооружении современное оружие и в тесном взаимодействии с немцами вели активные боевые действия против частей и подразделений Красной Армии. Под лозунгами националистов озлобленные вооруженные банды нападали на небольшие воинские колонны, сотрудников милиции, убивали представителей местных органов государственной власти и граждан, приветствующих деятельность Советской власти в городах и сельской местности, совершали диверсии на железных дорогах. К боевым действиям по ликвидации националистических формирований привлекалось значительное количество всех видов войск НКВД и даже фронтовые части Красной Армии.
В целях совершенствования организации и управления силами и средствами в проведении операций по уничтожению враждебных групп и отрядов, улучшения взаимодействия войск НКВД с органами государственной безопасности и милиции на территориях Украины, Белоруссии, Прибалтийских республик Постановлением ГКО СССР были сформированы специализированные округа внутренних войск НКВД. Так Украинский округ внутренних войск был создан в феврале 1943 г. в составе одной дивизии, 9 бригад, одного кавалерийского полка и одного танкового батальона. В апреле 1944 г. был образован Белорусский округ в составе трех дивизий и одного полка, в декабре того же года – Прибалтийский округ в составе двух дивизий[114].
Неимоверно трудной была борьба с националистическими формированиями, много загублено в тех боях человеческих жизней, но к весне 1945 г., ко дню Победы, основные силы националистических формирований были разгромлены, хотя боевые действия с разрозненными отрядами продолжались до средины 1955 г.