При этом, следует отметить, в первое время службы по охране тыла командный состав, задействованный в работе ФП, не имел опыта по фильтрации большого количества задержанных граждан и военнослужащих. Минимальные навыки пограничников в первичных опросах задержанных нарушителей границы они имели, но этого было недостаточно в военное время. В новых условиях важную роль играло взаимодействие фильтрационных пунктов с территориальными органами НКВД и милицией, особыми отделами НКВД частей и соединений Красной Армии, местными органами государственной власти. Для работы с наиболее сложными делами при Управлениях войск НКВД по охране тыла фронта могли создаваться специальные группы из наиболее подготовленного командного состава и сотрудников местных органов НКВД.
На основной же контингент задержанных лиц дела заводились и рассматривались в предварительном порядке на ФП рот и батальонов силами их командного и начальствующего состава. Факты показывают: вследствие отсутствия опыта и чрезмерной нагрузки на личный состав фильтрационных пунктов в первом полугодии войны результативность их работы оказалась низкой.
Заметное улучшение в работе произошло в 1942 г. Приказом НКВД СССР от 17.01.42 в штат Управлений войск НКВД по охране тыла, полков и батальонов вводились разведывательные отделения, командиры рот получили в подчинение заместителей по разведке. Приказом были также определены задачи разведывательных аппаратов – вести разведку и поиск мелких групп противника, оставленных или заброшенных в прифронтовую полосу, шпионов, диверсантов, террористов, сигнальщиков. А кроме того, они обязывались вести поиск и ликвидацию бандитских формирований, задерживать дезертиров, мародеров, очищать населенные пункты, освобожденные Красной Армией, от ставленников и пособников врага, вскрывать и пресекать провокационную деятельность антисоветских элементов, распространителей ложных и провокационных слухов, дезорганизаторов тыла, выявлять и изымать у населения оружие.
В целях расширения и совершенствования методов выполнения задач разведывательным подразделениям было разрешено формировать собственную агентурную сеть и привлекать к работе существующие на местах бригады содействия (БС). Командирам подразделений вменялась обязанность вести воспитательную работу с этим людьми, отвечать за результаты их деятельности. Большое значение в проводимых мероприятиях по организации и совершенствованию службы по охране тыла действующей армии имело создание в Главном управлении внутренних войск НКВД СССР разведывательного отдела, который принял на себя руководство всей агентурно-разведывательной деятельностью и бригадами содействия в войсках НКВД.