После войны Судоплатов продолжал службу на руководящих должностях в МГБ-МВД СССР. 21 августа 1953 г. П.А.Судоплатов был арестован «как участник дела Берии и его банды» и в 1956 г. осужден на 15 лет лишения свободы.
21 июля 1953 г. по «делу Берии» был арестован и генерал-майор Наум Исаакович Эйтингон (1899–1981), начавший службу в органах ВЧК в октябре 1919 г. С 1924 г. он — сотрудник Иностранного отдела ОГПУ, неоднократно выезжал в загранкомандировки (Китай, Турция, США, Франция, Бельгия), где возглавлял легальные и нелегальные резидентуры (Испания, Мексика).
С мая 1941 г. Н.И. Эйтингон — заместитель начальника 1-го управления НКГБ СССР, с июля 1941 г. — заместитель начальника Особой группы П.А. Судоплатова при наркоме. Являлся одним из руководителей партизанского движения как на временно оккупированных территориях СССР, так и в Польше, Чехословакии, Болгарии, Румынии.
В послевоенные годы — заместитель начальника нелегальной разведки, координатор работы по обеспечению создания советской атомной бомбы.
В октябре 1951 г. Эйтингон был арестован по так называемому «делу о сионистском заговоре» (его сестра С.И. Эйтингон была арестована по сфальсифицированному «делу врачей»), и был приговорен к 10 годам лишения свободы. В марте 1953 г., после прекращения «дела врачей», освобожден по распоряжению Л.П. Берии и восстановлен на работе в органах госбезопасности.
В 1957 г. осужден как «пособник Берии» на 12 лет лишения свободы, был освобожден из Владимирской тюрьмы в 1964 г.
Партийно-политические установки для деятельности органов КГБ СССР 1956–1986 годов
Из Отчетного доклада Центрального Комитета ХХ съезду КПСС 14 февраля 1956 г.:
… Опыт показывает, что малейшее ослабление социалистической законности враги Советского государства пытаются использовать для своей подлой, подрывной работы. Так действовала разоблаченная партией банда Берия, которая пыталась вывести органы государственной безопасности из-под контроля партии и Советской власти, поставить их над Партией и Правительством, создать в этих органах обстановку беззакония и произвола. Во враждебных целях эта шайка фабриковала лживые обвинительные материалы на честных руководящих работниках и рядовых советских граждан.
Центральный Комитет проверил так называемое «ленинградское дело» и установил, что оно было сфабриковано Берия и его подручными для того, чтобы ослабить ленинградскую партийную организацию, опорочить ее кадры. Установив несостоятельность «ленинградского дела», Центральный Комитет партии проверил и ряд других сомнительных дел.