1 августа 1944 г. силы 3-го Белорусского фронта приняли участие в Каунасской наступательной операции и, освободив г. Каунас, вышли к границам Восточной Пруссии. Затем войска фронта участвовали в Мемельской операции 1-го Прибалтийского фронта, провели Гумбинненскую операцию. В ходе Прибалтийской стратегической наступательной операции была разгромлена 700-тысячная группировка противника в Прибалтике, 33 немецкие дивизии были заблокированы в Курляндии.
В январе 1945 г. войска 3-го Белорусского совместно с частями 1-го Прибалтийского фронта участвовали в Восточно-Прусской стратегической наступательной операции, вышли на подступы к Кенигсбергу. В ходе боевых действий была разгромлена немецкая 3-я танковая армия.
Из воспоминаний И. Х. Маршала Баграмян: «Широкий военный кругозор, высокая общая и профессиональная культура, необычная работоспособность и богатый опыт обучения и руководства войсками позволили ему быстро оценить обстановку, верно определить главное, необходимое для принятия рациональных решений… Одним своим присутствием он вселял в сердца воинов бодрость и веру в успех, усело направлял их энтузиазм на разгром противника».
Верховный Главнокомандующий И.Сталин всемерно продвигал талантливого молодого полководца.
Байка.
Назначают на Ставке Черняховского командующим 3 Белорусским фронтом, ему ещё 40 нет. Генштаб даёт хвалебную характеристику, просит назначить.
Начальник ГлавПУРа Мехлис даёт отрицательную, не достоин. Доводы-бабник. Возит за собой при штабе целый гарем, устраивает оргии, у него, Мехлиса, на Черняховского целая папка жалоб его бывших любовниц и показывает увесистую папку.
Сталин косится на папку и осторожно спрашивает: а есть ли в этой папке жалобы от жены Черняховского.
Нет, говорит Мехлис, от жены жалоб не поступало.
Воцарилась тишина, мнения разделились, все ждут решения Верховного.
А он ходит, сопит, молчит и курит трубку.
Наконец Антонов спрашивает: что будем делать товарищ Сталин?
Тот пыхнул трубкой и говорит: Что тут дэлат, завыдоват будэм.
И назначил, потому как Кенигсберг брать надо было. А с бабами пусть ГлавПУР разбирается.
А это из народного творчества.
Мехлис и Черняховский
Побыв на 3-ем Белорусском,
Там поработав от души,
Познав болтанки перегрузки,
Лев Мехлис в Ставку поспешил.
«Ну, как воюет Черняховский?» —
Спросил Верховный, не спеша.
«Воюет хорошо… — чертовски
Скривилась Мехлиса душа. —
Руководит войсками твёрдо.
Все хвалят, с кем беседы вёл.
Но… — тут у Льва скривилась морда, —
Младую женщину завёл.
… Что будем делать с Черняховским?» —
Спросил минуту обождя.