Подобные отступления от законодательства оправдываются потребностью в защите монарха и государства от угроз. Постоянные попытки убийства не оставляют Елизавете иного выбора, как наделить тайный совет соответствующими полномочиями по их предотвращению. Это приводит к росту шпионской сети, которая подчинялась сначала сэру Вильяму Сесилу, а потом (с 1573 года) — Фрэнсису Уолсингему. Именно шпион во французском посольстве вскрыл заговор Трогмортона в 1583 году: план организации католического восстания во время вторжения испанских войск в Англию. В 1586 году ловушка, тщательно расставленная шпионами, захлопывается, и Фрэнсис Уолсингем получает доказательство того, что сидящая в заточении Мария Стюарт участвует в заговоре по убийству Елизаветы. Главный вдохновитель заговора — молодой джентльмен-католик по имени Энтони Бабингтон. Во дворец Чартли, где сидит под арестом королева Шотландии, и из него тайно поступают шифрованные письма, спрятанные внутри бочек с элем в водонепроницаемых пакетах. Когда Бабингтон пишет Марии, прося благословить план по возведению ее на английский трон, она дает одобрительный ответ. Секретарь Уолсингема перехватывает письма, и ему удается раскрыть шифр. В предательстве Марии не остается никаких сомнений; вскоре ее судят и казнят.
Эта неофициальная «секретная служба», основанная сэром Вильямом Сесилом и Фрэнсисом Уолсингемом, работает не только над предотвращением покушений на Елизавету. Шпионы Уолсингема посылают ему информацию из всех районов Англии. Кроме того, он держит 13 шпионов во Франции, десять — в Нидерландах, пять в Италии, пять в Испании, девять в Германии и даже трех в Турции. У Сесила есть агенты в лондонских тюрьмах, которые прислушиваются ко всем разговорам в надежде найти в них что-то полезное. В общем, можно сказать, что, куда бы вы ни поехали, нельзя быть точно уверенными, что вас не достанут длинные руки Сесила и Уолсингема. Вот, например, случай с доктором Джоном Стори, юристом-католиком и членом парламента, которого в 1563 году посадили в тюрьму за неприятные слова о королеве. Сбежав в ночи и добравшись до резиденции испанского посла, он тайно едет в Нидерланды. Там герцог Альба назначает его на должность, дающую право обыскивать все суда, прибывающие из Англии, и Стори усердно прочесывает каждый английский корабль, ища там протестантские письма, книги и послания. Благодаря такому рвению на работе он становится лидером группы католических активистов-эмигрантов и серьезным раздражителем для английских купцов, торгующих с Нидерландами. После этого Сесил решает, что пора действовать. В 1570 году он подсылает к доктору Стори агентов, которые завоевывают его доверие. Они вместе с ним обыскивают английские корабли и однажды приводят на судно, капитан которого был заранее проинструктирован. Доктора Стори схватили, доставили в Англию и передали тайному совету для допроса и суда. Там его признали виновным в государственной измене и казнили через повешение, потрошение и четвертование. Как вы видите, «темные операции», во время которых государственные тайные агенты захватывают в плен соотечественников, живущих за рубежом, и выдают их на родину для пыток и казни, имеют давнюю историю.