Когда суд предоставил слово Абакумову, отказавшемуся от адвоката, он заявил: «Виновным себя не признаю. Это дело провокационное, оно сфабриковано Берией, Кобуловым, Рюминым… Я заявляю, что настоящее дело против меня сфабриковано. Я заключен под стражу в результате происков Берии и ложного доноса Рюмина. Все недостатки в органах ЧК, скопившиеся за длительный период, вменяются мне как преступления… я ничего не делал сам. В ЦК давались указания, а я их выполнял. Государственный обвинитель ругает меня, с одной стороны, за допущенные перегибы, а с другой – за промахи, смазывания. Где же тут логика? Дело «СДР» расследовано правильно. Мне же в течение трех с половиной лет и пытались доказать, что я «смазал» террористические намерения у 15–16-летних юношей и девушек… Недостатки у меня были, я их не скрывал. Утверждать, что я использовал такой орган, как Особое совещание, для расправы, – значит забывать о том, что я никогда не председательствовал в Особом совещании… Я считаю, что суд должен справедливо разобраться в моем деле».
Выездная сессия Военной коллегии Верховного суда СССР так сформулировала обвинения: «Подсудимый Абакумов, будучи выдвинутый Берией на пост министра Госбезопасности СССР, являлся прямым соучастником преступной заговорщицкой группы, выполнял вражеские задания Берии. Совершая такие тяжкие преступления, как и Берия, Абакумов стал на путь авантюр и политических провокаций. Абакумов фабриковал дела на отдельных работников партийного, советского аппарата и представителей советской интеллигенции, затем арестовывал этих лиц и, применяя запрещенные советским законам преступные методы следствия, вместе со своими сообщниками Леоновым, Комаровым, Лихачевым, добивался от арестованных вымышленных показаний с признанием вины в тяжелых государственных преступлениях».
Было совершенно ясно, в том числе и судьям, что уж к «группе Берии» Абакумов не причастен. Наоборот, Берия посодействовал аресту Абакумова. В любом случае дело Абакумова должно было объективно расследоваться дальше. Но к тому времени уже сложилась «добрая» традиция расстреливать бывших руководителей госбезопасности.
Живой Абакумов был не нужен никому из высшего руководства. Ни Первому секретарю ЦК КПСС Никите Сергеевичу Хрущеву, ни председателю Совета Министров Георгию Максимилиановичу Маленкову.
19 декабря 1954 года суд приговорил В. С. Абакумова, А.Г. Леонова, В. И. Комарова и М. Т. Лихачева к высшей мере наказания – расстрелу с конфискацией лично принадлежавшего им имущества. Я. М. Броверман был приговорен к 25 годам, а И. А. Чернов – к 15 годам лишения свободы с последующим поражением в правах на 5 лет каждого с конфискацией лично принадлежащего им имущества.