Создается впечатление, что Леонардо совершенно все равно, что именно или кого писать. Главный предмет его интереса – сама живопись, ее возможности, во многом еще неизвестные, нераскрытые. Ему важно создать особую световоздушную среду, которая придаст пространству картины необходимый объем. Колорит, взаимодействие цвета и сфумато, моделировка фигур, сложная динамическая композиция – живописец вновь и вновь экспериментировал, пробовал, стремился к идеалу. Уже к началу 1480-х гг. Леонардо освоил особый метод построения изображения: оно словно прорастает в глубину вопреки плоскости деревянной основы. Живописец разработал собственный рецепт грунта, обычно очень тонкого и в целом ряде случаев подкрашенного (розоватого или сероватого). Грунт накладывался несколькими тончайшими слоями, в дальнейшем создавая оптическое ощущение еще какой-то скрытой реальности, существующей в глубине или вдали.
Далее следовала основная, с точки зрения Леонардо, работа: нанесение теней и световых бликов. Тонкими шелковыми кистями, коричневатыми или сероватыми тонами, он наносил легкие, полупрозрачные мазки, словно вылепливая форму. Чем насыщеннее тона, тем глубже тени; за счет разной степени интенсивности – там чуть темнее, здесь чуть светлее – и совсем светлых бликов будущее изображение зрительно углублялось, погружаясь во все более объемную реальность будущей картины. Примерно в таком состоянии осталось «Поклонение волхвов», и это дало реставраторам последующих столетий возможность восстановить метод Леонардо.
В самую последнюю очередь шла работа над колоритом. Художник использовал либо темперу (растертые органические пигменты со связующим веществом – яичным желтком), либо масляные краски (связующее вещество – льняное масло). Но ни основа работы, ни грунт, ни свето-теневая проработка не скрывались под красочным слоем, проглядывая сквозь яркие тона, усиливая впечатление объема и свечения.
Третий миланский шедевр Леонардо – знаменитая «Тайная вечеря» (4,5 × 8,6 м), написанная в 1495–1498 гг. по распоряжению Лодовико Сфорца на стене трапезной доминиканского монастыря Санта-Мария делле Грацие в Милане, на высоте трех метров от пола. Изображение занимает всю торцевую стену помещения и ориентировано на зрителя, органично входя в интерьер трапезной: перспективное сокращение боковых стен, изображенных на фреске, продолжает реальное пространство помещения. На сей раз это скорее фреска, чем картина. Но одновременно – скорее картина, чем фреска: техника фресковой росписи по сырому грунту требует от исполнителя чрезвычайной быстроты, а Леонардо не умел работать «на скорость», да и учиться не желал. Поэтому «Тайная вечеря» написана так, как делал художник свои станковые работы. При этом он не удовлетворился традиционными рецептами изготовления красок; добиваясь нужных зрительных качеств, сутками экспериментировал, не выходя из лаборатории.