Получив известие о грозящей беде, Арсений испугался и подал просьбу об увольнении от епархии опять в Спасский Новгород-Северский монастырь на обещание, но уже было поздно: его взяли под стражу и отвезли в Москву на синодский суд. Еще прежде взятия под стражу Арсений отправил копию с своих доношений Синоду к духовнику Федору Яковлевичу Дубянскому и графу Алексею Петр. Бестужеву-Рюмину. Неизвестно, что сделал с этими бумагами духовник, но Бестужев решился ходатайствовать за Арсения и внушить императрице о необходимости покончить неприятное дело как можно тише и скорее. 31 марта он писал императрице: «Как содержание доношений в Синод (Арсения) наполнено не только дерзостями, но и чувствительнейшими оскорблениями за которые ее и. в-ство справедливо на него прогневана, граф Бестужев, не вступая отнюдь ни в малейшее за сего архиерея заступление, осмеливается токмо по долгу к ближнему, в преступление впадшему, рабски просить о показании ему монаршего и матернего милосердия в том приговоре, который по суду, конечно, ему тягостен будет, а притом не в указ свое слабейшее рассуждение присовокупить, не соизволит ли ее и. в. в его явном и никакого уже исследования не требующем преступлении скорее сентенцию на монаршую конфирмацию сочинить и тем сие дело кончить в предупреждение разных о сем и без того в публике происходящих толкований».
Мягкие формы не помогли. Бестужев, которому в прошлом году писалось: «Батюшка Алексей Петрович, пожалуй, помогай советами!», теперь получил на свое внушение грозный ответ: «Я чаю, ни при котором государе столько заступления не было за оскорбителя величества, как ныне за арестованного всем Синодом митрополита ростовского, и не знаю, какую я б причину подала сумневаться о моем милосердии и человеколюбии. Прежде сего и без всякой церемонии и формы по не столь еще важным делам преосвященным головы секали, и не знаю, как бы я могла содержать и укрепить тишину и благоденствие народа (умолча о защищении и сохранении мне от Бога данной власти), если б возмутители не были б наказаны».
Конечно, Бестужев и никто другой никак не могли бы припомнить, когда преосвященным не по столь еще важным делам головы секали безо всякой церемонии и формы; но поверка этих слов Екатерины могла только показывать Бестужеву всю степень раздражения императрицы, и он спешил успокоить это раздражение: «Во всенижайший ответ всеподданнейший раб доносит, что как он прежде за ростовского архиерея никогда не заступался, но паче в С.-Петербург присланную от него цидулку представил с своим примечанием; так и ныне по его подлинно великим преступлениям не делал заступления, а токмо о скором решении упомянул, дабы чрез то пресечь излишние толкования и рассуждения в народе, который о точности дела не ведает; но ежели в чем старик погрешил, то токмо от одного усердия, чем теперь от неповинности своей и сокрушается». На этой же записке Екатерина написала: «Сожалею, что сокрушается: я писала с тем, чтоб вы имели что ответствовать тем, кто вас просьбою мучит. Желаю вам спокойно опочивать».