Испуганный старик умолял о помиловании. Но если, несмотря на то, требовалось необходимо осуждение, то кто требовал вносить в это осуждение странность, что показание канцеляриста Жукова о посылке копий с доношений духовнику и Бестужеву свидетельствует о неистинности показаний Арсения? Екатерина написала на докладе: «По сей сентенции сан митрополита и священства снять, а если правила святые и другие церковные узаконения дозволяют, то для удобнейшего покаяния преступнику по старости его лет монашеский только чин оставить, от гражданского же суда и истязания мы по человеколюбию его освобождаем, повелевая нашему Синоду послать его в отдаленный монастырь под смотрение разумного начальника с таким определением, чтоб там невозможно было ему развращать ни письменно, ни словесно слабых и простых людей». Синод назначил местом ссылки Вологодской епархии Ферапонтов монастырь; но 15 апреля обер-прокурор объявил Синоду именной указ, чтоб Арсений сослан был в Архангельскую епархию, в Никольский Корельский монастырь, с производством ему кормовых денег по 50 коп. в день.
Прошло четыре года. В 1767 году опять поднялось следственное дело о монахе Арсении вследствие доноса на него иеродиакона Иоасафа Лебедева. Арсений, по словам доносчика, говорил, что Екатерина не природная наша и не следовало ей принимать престола; цесаревич болен золотухою, и, Бог знает, кто после будет, а надобно быть Ивану Антоновичу и содержащимся в Холмогорах отцу его и прочим. Арсений бранил синодальных членов; о Димитрии Сеченове говорил: «Кабы пропал, то бы и я был свобожден, до тех пор он поживет, пока обер-секретарь Остолопов жив, без которого он ничего не делает. Если бы не были согласны Сеченов и петербургский Гавриил, то деревень у архиереев и монастырей не отобрали бы». Сравнивал себя с Златоустом, заточенным также царицею. Толковал о пророчестве, будто бы взятом из жития св. Кирилла Белозерского, что в России будут царствовать двое юношей, которые выгонят турка и возьмут Царьград: первый юноша – великий князь (Павел Петрович), другой – брат принца Ивана (это говорилось уже по смерти последнего). Эти толки Арсения, доносил Лебедев, над архимандритом Корельского монастыря Антонием, над караульными солдатами и начальником их подпрапорщиком Алексеевским произвели желаемое действие: уверясь, что двое юношей будут царствовать скоро и что Арсений будет архиереем по-прежнему, стали содержать его гораздо слабее, почитали его как архиерея, принимали от него благословение, позволяли ему публично говорить проповеди. Подвергнутые допросу Антоний и Алексеевский признались в своем послаблении, Алексеевский подтвердил донос, подтвердил, что Арсений говорил: «Государыня наша не природная и не тверда в законе нашем, и не надлежало ей престола принимать». Екатерина заметила при этом: «Сии слова Арсений говорил и в 1763 году капитану Николаю Дурново, когда сей последний его приезжал брать в Синод, и так Алексеевский то не выдумал». Но Арсений в новой беде еще надеялся поколебать основание своей главной опалы. 22 октября он обратился в Архангельскую губернскую канцелярию с просьбою, чтоб записала его объявление и представила императрице. Объявление состояло в следующем: 1) Просит он, Арсений, чтоб ее и. в-ство сотворила с ним милость и соизволила бы подлинное его доношение, за которое он и осужден, сама прочесть; тогда, конечно, соизволит увидать его правость, ибо он, когда еще при покойной государыне Елисавете Петровне получил копию с доклада (а подлинный подписан бывшим канцлером Бестужевым-Рюминым и прочими знатными господами, окроме графа Петра Шувалова) об отобрании от церквей деревень, написал письмо к императрице; это письмо сходно с его доношением, за которое он теперь страдает. Императрица Елисавета, рассмотря, что он писал справедливо, подлинного доклада, когда ей поднесли его, утвердить не изволила, единственно послушав его, Арсениева, письма, и сказала, что не подпишет: как-де после смерти моей хотите. 2) Подоношению его и по следствию докладывало, как он, Арсений, думает, из Синода экстрактом и на словах ее величеству; а если б подлинное доношение ее в-ство изволила читать, то, конечно, он так наказан не был бы. 3) Он, Арсений, и ныне утверждает, что деревень от церквей для прописанных резонов в посланном от него в Синод доношении отбирать не надлежало.