В то время как учреждалась Канцелярия опекунства иностранных, надобно было изменить управление славянскими колонистами, населившими при Елисавете Новую Сербию. Знаменитый выводчик колонии Хорват позволил себе разнуздаться на украйне. Мы видели, что сначала жалобам на него не хотели верить в Петербурге, но еще при Елисавете должны были нарядить следствие. При Петре III 21 марта учреждена была комиссия по делу Хорвата; рассказывают, что в это время большими подарками знатным лицам он успел остановить дело, но при Екатерине оно опять началось. Нашли, что он употребил в противные указам расходы 64999 рублей казенных денег, и деньги эти велено возвратить в казну чрез продажу его имения; от управления делами новосербских поселений Хорвата, разумеется, отрешили, и на место его был назначен, как мы видели, генерал-поручик Мельгунов, на помощь которому был придан бригадир Зорич как человек, знающий нравы и обычаи поселенцев. Мельгунов был поставлен, однако, под главное начальство киевского генерал-губернатора; что же касается военных дел, то новосербскому корпусу, как людям воинского звания, велено быть под ведомством Военной коллегии. Так как число выходцев из указных народов (сербского, болгарского, волошского и македонского) оказалось невелико, то велено принимать возвращающихся из Польши беглых, как малороссиян, так и великороссиян и всякой народности людей, «дабы тамошние пустые места, как по пограничности нужные, сколько возможно, настоящим кордоном заселить и умножить».
Запорожье и Дон были спокойны, но старая козацкая жизнь с ее обычаями и притязаниями, видимо, отливала от запада к востоку, и начинались движения на далеком Яике. В самом начале года в Яицком городке под дирекциею генерал-майора Брахвельта учреждена комиссия для исследования о поступках атамана Бородина, который обвинялся в излишних денежных сборах с козаков и в удержании у них денежного жалованья, пороха и свинца; комиссия должна была исследовать также о своевольствах старшины Логинова, который позволял себе развратные и непристойные толкования посылаемых к Яицкому войску указов. Дело началось вследствие жалобы, поданной козаками императрице на Военную коллегию. Но в то же время султан меньшей киргизской орды прислал просить канцлера, нельзя ли сменить Бородина и на его место позволить Яицкому войску выбрать доброго и умного человека. Когда в степях узнали о смене Бородина, то в Москву явилось двое яицких козаков с письмом к канцлеру от того же киргизского султана. «Некоторые просьбы наши, – писал султан, – приняты, Андрей Бородин отставлен, чем я много доволен; но слышу, будто получен из Военной коллегии указ быть атаманом одному старшине из команды мужика и пришлеца атамана Могутова; но Яицкое войско с зачатия Яицкого городка от 40 козаков выбирало атамана всегда между собою; козаки за великую себе обиду и поругание будут считать, если их отдадут в команду Могутову, да и брат мой, и я, и весь киргиз-кайсацкий народ будут этим недовольны. Я, услыша о разорении Яицкого войска и о горьких слезах его, не мог не донести вашему сиятельству, дабы оное войско удовольствовано было». Когда канцлер препроводил письмо к императрице, то она написала: «От оных козаков мне подана челобитна, в которой прописывают нарушенья их прав и вольностей от Военной коллегии, и я о сем уже писала к президенту: только сумнительно весьма, что киргисцы об них просят».