Но того же 6 июля случилось событие, которое потребовало нового манифеста: пришло известие о смерти бывшего императора в Ропше, смерти насильственной. «Я нашла императрицу, – говорит Дашкова, – в совершенном отчаянии; видно было, под влиянием каких тяжких дум она находилась. Вот что она мне сказала: „Эта смерть наводит на меня невыразимый ужас; этот удар меня сокрушает“». 7 июля был издан манифест: «В седьмой день после принятия нашего престола всероссийского получили мы известие, что бывший император Петр III обыкновенным, прежде часто случавшимся ему припадком гемороидическим впал в прежестокую колику. Чего ради, не презирая долгу нашего христианского и заповеди святой, которою мы одолжены к соблюдению жизни ближнего своего, тотчас повелели отправить к нему все, что потребно было к предупреждению следств из того приключения, опасных в здравии его и к скорому вспоможению врачеванием. Но, к крайнему нашему прискорбию и смущению сердца, вчерашнего вечера получили мы другое, что он волею всевышнего Бога скончался. Чего ради мы повелели тело его привезти в монастырь Невский для погребения в том же монастыре, а между тем всех верноподданных возбуждаем и увещеваем нашим императорским и матерним словом, дабы без злопамятствия всего прошедшего с телом его последнее учинили прощание и о спасении души его усердные к Богу приносили молитвы. Сие же бы нечаянное в смерти его Божие определение принимали за промысл его божественный, который он судьбами своими неисповедимыми нам, престолу нашему и всему отечеству строит путем, его только святой воле известным».
На другой день после издания этого манифеста, 8 июля, в собрании Сената встал и начал говорить сенатор Никита Ив. Панин: «Известно мне, что ее и. в-ство намерение положить соизволила шествовать к погребению императора Петра III в Невский монастырь; но как великодушное ее в-ства и непамятозлобивое сердце наполнено надмерною о сем приключении горестию и крайним соболезнованием о столь скорой и нечаянной смерти бывшего императора, так что с самого получения сей нечаянной ведомости ее в-ство в непрерывном соболезновании и слезах о таковом приключении находится; то хотя я, почитая за необходимый долг, обще с г. гетманом графом К. Г. Разумовским и представляли, чтоб ее в-ство, сохраняя свое здравие, по любви своей к Российскому отечеству для всех истинных ее верноподданных и для многих неприятных следств изволила б намерение свое отложить; но ее в-ство на то благоволения своего оказать не соизволила, и потому я за должное признал потом Прав. Сенату объявить, дабы весь Сенат по своему усердию к ее в-ству о том с рабским своим прошением предстал». «Сенат, уважа все учиненные г. сенатором Паниным справедливые изъяснения, тотчас пошел во внутренние ее в-ства покои и раболепнейше просил, дабы ее в-ство шествие свое в Невский монастырь отложить соизволила, и хотя ее в-ство долго к тому согласия своего и не оказывала, но напоследок, видя неотступное всего Сената рабское и всеусерднейшее прошение, намерение свое отложить благоволила». Петр III был погребен в Александро-Невском монастыре.