Открыв микробную природу процессов брожения, Пастер делает новое открытие, доказав роль микробов в гниении. Оказалось, что среди микробов существует большое количество так называемых гнилостных. Бесчисленное множество их находится в земле, воде, воздухе, в организме человека, млекопитающих животных, птиц, насекомых и т. д. Чем же они замечательны и какова их роль?
Под влиянием гнилостных микробов происходят процессы глубокого расщепления сложных белковых веществ вплоть до образования простейших минеральных соединений, например аммонийных солей и других веществ, необходимых для жизни растений. Гнилостные процессы в почве превращают различные растения и отбросы животных в перегной, нужный для удобрения. Медицина широко использует при различных заболеваниях лечебные грязи, в образовании которых большую роль играют гнилостные бактерии.
Роль микробов в гнилостных процессах доказал Пастер, В своих исследованиях о гниении он писал: «Если бы микроскопические существа исчезли с поверхности, земли, то она быстро загромоздилась бы мертвыми органическими отбросами и всякого рода трупами животных и остатками растений… Без их участия жизнь вскоре прекратилась, так как работа смерти осталась бы незавершенной».
Слава Пастера гремела по всей Франции. Именно это и привело к нему представителей шелководческих районов Франции. От какой-то таинственной причины болели и гибли шелковичные черви. Надо сказать, что шелководческое дело также было основой экономики ряда провинций Франции. Ученый стал искать микробы, вызывающие болезнь шелковичных червей, и нашел. Было сделано открытие огромного научного значения. Снова найдены микробы, но уже возбудители подлинных болезней живых существ.
Биограф Пастера Валери-Радо так характеризует отношение великого ученого к запросам практики: «Как всегда, самым крупным научным проблемам он старался найти практическое применение».
Изучая маслянокислое брожение, Пастер делает важное открытие общебиологического значения — явление анаэробиоза. До Пастера незыблемым законом являлось положение, высказанное Лавуазье: жизнь без кислорода воздуха невозможна. Но вот Пастер открывает микробы, возбудители маслянокислого брожения, и они, оказывается, могут жить без кислорода. Теперь уже все микробы по типу дыхания разделили на две группы: аэробную и анаэробную. Аэробы — это микроорганизмы, способные жить и развиваться лишь в присутствии кислорода воздуха. Анаэробы живут в бескислородной среде. Больше того, кислород для них вреден. А микробы уксуснокислого брожения, которые Пастер открыл в пленке на поверхности вина, типичные аэробы, жадно стремящиеся к кислороду воздуха.