Были, однако, и такие, которые добавляли к этому списку еще одно требование - реформацию христианской доктрины, богословия, религиозных идей. По мнению таких мыслителей, как Лютер (Виттенберг) и Кальвин (Женева), Церковь потеряла из виду свое интеллектуальное наследие. Настала пора возрождения идеалов "золотого века" христианской Церкви. Плачевное состояние Церкви в начале шестнадцатого века было лишь симптомом более страшной болезни - отклонения от основных идей христианской веры, потери интеллектуальной подлинности, неспособности понять того, чем на самом деле являлось христианство. Нельзя было реформировать христианство, не поняв того, чем оно на самом деле должно было являться. Для этих мыслителей очевидные промахи Церкви в период позднего Возрождения были последней ступенью постепенного процесса, который продолжался в Церкви со времен богословского возрождения двенадцатого века - разложения христианской доктрины и этики. Те основные идеи, которые, по мнению Лютера и Кальвина, лежали в основе христианской веры и практики, были заслонены, если не полностью извращены рядом средневековых наслоений. По мнению этих мыслителей, настало время преобразований, направленных на то, чтобы вернуться к более "чистому и свежему" христианству, которое манило их из глубины веков. Реформаторы подхватили призыв гуманистов: "назад к источникам (ad fontes)", назад к золотому веку Церкви, чтобы вновь утвердить ее свежесть, чистоту и жизнеспособность, потерянную в период застоя и разложения.
Литература того периода, несомненно, рисует картину растущего церковного разложения и недееспособности, указывая на степень нужды в реформах, которую испытывала Церковь в период позднего средневековья. Однако, здесь следует сделать предупредительное замечание о манере толкования этих источников. Вполне возможно, что они отражают не столько ухудшение реального положения Церкви в указанный период, сколько увеличение требований, выдвигаемых к ней. Увеличение числа образованных мирян - один из наиболее значимых элементов интеллектуальной истории Европы позднего средневековья - приводило к возрастанию критики Церкви ввиду очевидного расхождения между тем, чем Церковь являлась в действительности и тем, чем она должна была являться. Растущая критика могла вполне отражать не реальное ухудшение состояния Церкви, а тот факт, что ввиду увеличения образовательных возможностей все большее количество людей были в состоянии ее критиковать.
Однако, кто же мог реформировать Церковь? К концу первого десятилетия шестнадцатого века коренной сдвиг власти был, в основном, завершен. Власть папы уменьшилась, а власть светских правительств Европы увеличилась. В 1478 г. была учреждена Испанская Инквизиция, имевшая власть над духовенством и религиозными орденами (и, в конечном итоге, над епископами), управление этой системой судов было возложено не на папу, а на испанского короля. Болонийский Конкордат (1516 г.) предоставил французскому королю право назначать высшее духовенство французской Церкви и тем самым непосредственно управлять этой Церковью и ее финансами. По всей Европе способность папы провести реформу его Церкви постепенно уменьшалась: даже если бы у пап позднего Возрождения и было желание провести реформу (имеется, впрочем, очень мало указаний на такое желание), реальная возможность сделать это ускользала от них. Это уменьшение папской власти, однако, не привело к уменьшению власти поместных или национальных Церквей, которые продолжали оказывать большое влияние на свои народы. Уменьшилась в этот период именно способность папы контролировать местную или национальную власть.