Во время попытки государственного переворота, предпринятой Джоном Дадли, который после смерти Эдуарда VI Тюдора хотел посадить на престол леди Джейн Грей и собственного сына Гилфорда, Елизавета поначалу избежала ареста со стороны бунтовщиков, а затем стала на сторону своей сестры Марии. Несмотря на это, когда Мария пришла к власти, отношения между сестрами сделались натянутыми. Почвой для конфликтов были как различие характеров, так и разница вероисповедания. После подавления бунта Уайетта сестру королевы препроводили ко двору и вскоре заключили в Тауэр, подозревая ее в участии в заговоре. У ворот Тауэра Елизавета расплакалась. Она счастливо избежала смерти. Вопреки мнению многих советников Мария выступила против вынесения приговора сестре. Елизавета произвела впечатление и на мужа сестры, Филиппа, — в его окружении даже начали строить планы относительно того, что в случае смерти Марии она могла бы стать его новой женой. После смерти Марии, не оставившей наследников, 17 ноября 1558 года престол перешел к Елизавете. Принимая утром того дня делегацию лордов, она сказала: «Господа, закон природы склоняет меня к трауру по сестре, бремя, на меня обрушившееся, меня ужасает». К вопросу правления она подошла серьезно. Одной из первых задач новой правительницы было урегулирование религиозных вопросов, которые она считала делом политическим. Со временем отношение к католикам в Англии ужесточалось. Когда в 1567 году вспыхнуло восстание, после его подавления начались суровые репрессии. Было казнено ок. 800 человек. Эти события послужили причиной того, что в 1570 году папа Пий V отлучил Елизавету от Церкви. Отлучение перечеркнуло последний шанс наладить отношения с Римом. Однако настоящее торжество протестантизма в государстве Тюдоров было связано не с политикой Елизаветы, а с войной с Испанией. Угроза со стороны государства, возглавляющего католический лагерь, привела к всплеску в Англии антикатолических настроений. Католиков подозревали в предательстве. При этом следует отметить, что в оппозицию к королеве перешли и радикальные движения Реформации. Впрочем, противников у Елизаветы было значительно больше, поскольку она, как и предыдущие Тюдоры, старалась оттеснить от власти аристократию, а на управляющие должности назначать мелкопоместное дворянство, которое сильнее зависело от нее.
С самого начала правления неоднократно обсуждалось замужество королевы. Рассматривались кандидатуры Филиппа II и французского герцога Франсуа д'Алансона, младшего брата Генриха Валуа. Одним из самых стойких претендентов на ее руку был шведский принц Эрик Ваза, впоследствии Эрик XIV, который, не смущаясь, делал предложение письменно целых четыре раза и даже планировал личный визит в Англию, но в итоге прислал по этому вопросу своего брата Карла. Однако он не получил руки королевы. Много говорилось о возможном союзе Елизаветы с кем-то из подданных. Самым серьезным кандидатом представлялся Роберт Дадли, граф Лестер, в которого королева была влюблена. Ровесник Елизаветы, он был красивым, умным и веселым мужчиной. Согласно легенде, их любовь зародилась, когда оба были заключены в Тауэр и ожидали самого худшего. Ходили сплетни, будто единственным препятствием свадьбе является заключенный ранее брак графа с Эми Робсарт. Со временем давление на королеву с тем, чтобы она официально сочеталась браком и положила конец сплетням, усилилось. По стране уже ползли слухи о тайном рождении ребенка, плода этой связи. Несколько лет спустя королева призналась, что любила Роберта, но между ними ничего не было (историки до сих пор спорят о близости их отношений).