Белоэмалевый крест Дмитрию Сергеевичу вручили, а вот со званием обошли, несмотря на неоднократные ходатайства командующего эскадрой. Сам же лейтенант, впрочем, особо не обиделся, мало ли что бывает в жизни: идёт война, и не это сейчас главное для боевого офицера.
Почему Ильину не дали ранее обещанное звание? Ведь он, как и прежде, верой и правдой служил Отечеству. Ответ может быть только один – громкая слава героя уже начала вызывать раздражение тех, кто, отсидевшись в тиши петербургских кабинетов, принялся делить между собой лавры Чесменской победы. Это был первый тревожный сигнал, который мог бы насторожить Дмитрия Сергеевича, но далёкий от дворцовых интриг офицер тогда так ничего и не понял. Кто может его за это осудить?
Сильнее ударить Ильина завистникам в то время не удалось. Дмитрий Сергеевич ещё был нужен флоту, да и в обиду на эскадре его бы никто не дал. Особенно же поддерживал Ильина адмирал Спиридов, сам попавший после Чесмы в опалу. Следующее воинское звание Дмитрию Ильину присвоят только через четыре года по выслуге лет, а не за отличие («по линии», как тогда говорили).
Вскоре после чесменских событий по распоряжению Спиридова Ильин принял под команду только что пришедший с Балтики для усиления эскадры новый бомбардирский корабль «Молния». Самостоятельная должность, причем должность капитанская – это серьезное продвижение по службе. Сразу же начались боевые походы, и на протяжении всей дальнейшей средиземноморской кампании там, где было всего труднее и опаснее, сослуживцы всегда видели Ильина. Он удивлял соратников своим мужеством и отвагой при атаке с моря крепости Метелино, в ожесточённых боях при Будрусе и Станчо, при вторичной атаке Чесмы в 1772 году и при блокаде Дарданелл. Не случайно «Молнию» за точность стрельбы на эскадре звали палочкой-выручалочкой.
Тем временем вокруг Ильина уже начались подковёрные игры в далёком Санкт-Петербурге. В Адмиралтейств-коллегию, минуя Спиридова, поступил анонимный донос о том, что находящийся при Средиземноморской эскадре лейтенант Ильин давно страдает падучей болезнью, которую старательно скрывает. Аноним требовал отправки лейтенанта с эскадры в Россию на лечение, с последующей отставкой на заслуженный им покой. Удар был нанесён достаточно точно: ведь проверить здоровье офицера, находившегося за тысячи миль от Петербурга, члены коллегии не могли, а оставлять на боевом посту командира корабля, страдающего падучей болезнью (пусть даже и весьма заслуженного), не имели права. Любопытно, что никакого указания из Адмиралтейств-коллегии об официальном медицинском освидетельствовании Ильина прямо на эскадре послано не было. Причины этого нам неизвестны. В силу этого Ильину не оставалось иного выхода, как возвращаться в Петербург для медицинского освидетельствования. Как обернутся дела в столице, разумеется, не мог сказать никто. Помогла случайность. В столицу в это время прибыл уволенный в полную отставку адмирал Спиридов, оттёртый Орловым и Грейгом от чесменской славы. К нему-то и обратились за решением столь щекотливого вопроса члены Адмиралтейств-коллегий. Седой адмирал с гневом отверг надуманные обвинения, взяв на себя всю ответственность. Дело было предано забвению. На этот раз Дмитрий Ильин, сам того не зная, одержал победу над неизвестными врагами. Но адмирал Спиридов убыл доживать свой век в далёкую деревню, и Дмитрий Сергеевич лишился своего последнего заступника.