Русская армия вернулась на Крымский полуостров, который белые попытались оборонять. Однако в ноябре объединенные силы большевиков и махновцев под общим командованием М.В. Фрунзе прорвались в Крым. Окончательный проигрыш белого дела стал понятен всем. Более ста тысяч бойцов Русской армии и членов их семей организованно были эвакуированы из портов полуострова в Константинополь.
17 ноября 1920 года Крым полностью был взят под контроль Красной армии. В плен попало более 50 тыс. бывших врангелевских солдат и офицеров, не сумевших или не захотевших эвакуироваться. До падения Крыма большевики обещали амнистию всем сдавшимся, но после победы исполнять обещание не посчитали нужным, на полуострове начался красный террор. Согласно революционным взглядам, поголовному истреблению подлежали все офицеры и военные чиновники, а также солдаты «цветных частей». Большевики и анархисты не щадили даже медработников и раненых в госпиталях. Сколько человек точно было казнено в это страшное время, сегодня сказать нельзя. Исследователями называются числа в диапазоне от 12 тыс. до 120 тыс. человек.
Крым стал могилой не только для Русской армии. Здесь же красные внезапно атаковали своих союзников — анархистов из Революционной повстанческой армии Украины (РПАУ) Нестора Махно. Анархисты за время Гражданской войны несколько раз то вступали в союз с большевиками, то начинали войну с ними. 2 ноября 1920 года Махно в очередной раз заключил союз с Красной армией и отправил отряды своих анархистов под командованием Семена Каретника на Крымский фронт. В боях за Крым махновцы отличились, форсировав Сиваш и разбив белый кавалерийский корпус генерала Барбовича. Однако после разгрома белогвардейцев махновцы для коммунистов из союзников превратились в потенциальных соперников, и поэтому было принято решение уничтожить их. Отряд РПАУ был внезапно атакован, но сумел вырваться. Однако красная кавалерия догнала анархистов и уничтожила их. Лишь несколько чудом выживших анархистов принесли батьке Махно в Гуляйполе весть о гибели лучшей части его армии.
После разгрома Врангеля и падения Крыма большевики взялись за истребление махновцев и прочих противников на территории Украины. Окруженный со всех сторон превосходящими силами Махно сражался мастерски, раз за разом выскакивая из ловушек. Его таявшая на глазах повстанческая армия в ноябре 20-го года смогла прорваться из Крыма в Екатеринославскую губернию и почти три месяца металась по Донбассу и Харьковской губернии, то уходя от погони, то атакуя. Вернувшись в феврале 1921 года в родной Гуляйполе, Махно столкнулся с апатией местного населения, не желавшего больше воевать под черными знаменами. С оставшимися верными соратниками Махно прошел рейдом через Донбасс на Волгу и Северный Кавказ. Там ему тоже не удалось достичь успеха, и в августе 1921 года Махно, пройдя всю Украину с востока на запад, перешел румынскую границу, став эмигрантом.