Но в условиях стремительного наступления немцев морские задачи в одночасье отошли на второй план. Враг неудержимо рвался на восток, и, чтобы остановить или хотя бы задержать его продвижение, были брошены все имевшиеся в наличии силы, включая ударную авиацию Балтийского флота.
Так, 30 июня 1-й МТАП во взаимодействии с 57-м и 73-м бомбардировочными полками ВВС флота нанес бомбовый удар по форсировавшим реку Западная Двина (Даугава) немецким войскам. Задание было успешно выполнено, продвижение врага к Ленинграду замедлилось. По причине отсутствия истребительного прикрытия 1-й МТАП потерял сбитыми тринадцать самолетов, погибло десять экипажей. Это были самые большие потери, которые понес полк в течение одного дня.
Но, несмотря ни на что, боевая работа продолжалась. В районах Пскова и Луги, Кингисеппа и Таллина, на подступах к Ленинграду, словом, где бы ни наступали немецкие войска, везде они были атакованы экипажами 1-го МТАПа.
Тем не менее наибольшую славу летчикам полка принесли налеты на Берлин, продолжавшиеся с 7 августа до 4 сентября, те самые, которыми мы столь сильно восторгались в Бузулуке. Если бы тогда кто-либо сказал, что спустя немногим менее двух лет мне доведется служить в этой легендарной воинской части, я бы ни в коем случае не поверил бы ему, сочтя эти слова всего лишь неудачной шуткой.
Идея нанести удар по вражеской столице в ответ на бомбардировки немецкой авиацией Москвы и Ленинграда родилась в штабе ВВС ВМФ. Расчеты показывали, что такие полеты осуществимы только с аэродромов Кагул и Астэ на эстонском острове Эзель (Сааремаа). Общая длина маршрута (до Берлина и обратно) составляла чуть менее 1800 километров, причем его значительную часть (около 1300 километров) экипажам предстояло пройти над морем, вне видимости берега, на высоте 6-7 тысяч метров. Еще одна трудность состояла в необходимости преодолеть стокилометровую зону противовоздушной обороны, созданную немцами вокруг Берлина. А предельная изношенность самолетов морской авиации и их моторов, не дававших нужной мощности, ставила под сомнение саму возможность выполнения этого сложнейшего боевого задания.
Первые удары по Берлину были нанесены наиболее подготовленными к полетам в любых метеоусловиях экипажами 1-го МТАПа и 57-го бомбардировочного авиаполка (БАП). Несколько позже авиагруппа была увеличена за счет дальней авиации ВВС Красной армии. Подготовкой и выполнением задания лично руководил командующий ВВС ВМФ генерал-лейтенант авиации С. Ф. Жаворонков.
Налеты на Берлин прекратились лишь после того, как немцы заняли материковую часть Эстонии, заблокировав снабжение Особой авиагруппы топливом и боеприпасами. Командир полка Е. Н. Преображенский, его штурман П. И. Хохлов, а также летчики А. Я. Ефремов, В. А. Гречишников, М. Н. Плоткин были награждены Золотой звездой Героя Советского Союза.