Следуя распоряжениям главы государства, руководители разведывательных органов помогли Карлосу обосноваться в сирийской столице. Карлос со своими помощниками перевезли туда весь свой арсенал и фальшивые документы, а также картотеку и финансовые отчеты Вайнриха.
Сирийцы заключили выгодную сделку и надеялись, что Карлос щедро расплатится с ними за оказанное ему гостеприимство: они планировали нанесение ударов по отдельным представителям сирийской оппозиции, скрывающимся за рубежом, в особенности по “мусульманским братьям”, обосновавшимся в Западной Германии, устрашение “реакционных арабских режимов, выступающих против президента аль-Асада”, участие в совместных действиях Сирии и Ирана против Саудовской Аравии и других стран Персидского залива и акции, направленные против Израиля и других антисирийских сил в Ливане. Архивы Венгрии и Восточной Германии свидетельствуют о том, что в этот список Сирия также включила похищение президента (какого именно, не уточнялось) за выкуп в 10 млн. долларов.
Внезапное закрытие границ Венгрии и Чехословакии для организации Карлоса застало его врасплох и вынудило лишиться значительных сумм, оставшихся на банковских счетах обеих стран. Однако Карлос совершенно не собирался расставаться со своим богатством. 10 июня 1986 года Карлос, Копп, которая к тому времени была на седьмом месяце беременности, и их телохранитель, прилетели в столицу Чехословакии Прагу, используя сирийские дипломатические паспорта, выданные на чужие имена. Однако чешские секретные службы очень быстро установили их личности, и через три дня несколько офицеров разведки наведались в гостиничный номер супружеской пары. Карлос нервно курил одну сигарету за другой, в то время как гости убеждали его покинуть страну. Встреча проходила в такой напряженной атмосфере, что всякий раз, доставая новую сигарету, Карлосу приходилось делать знак телохранителю, чтобы тот не счел это за попытку достать оружие.
Телефонный разговор с представителем Фронта освобождения в Чехословакии убедил Карлоса в необходимости уехать из Праги. Он был сфотографирован в пражском аэропорту вместе с Копп. Снимок подчеркивает его орлиный профиль и выступающий подбородок. В костюме с галстуком плотно сложенный Карлос походил на усталого бизнесмена после тяжелого рабочего дня. Единственное, что противоречило этому образу, так это содержимое пухлых чемоданов, в которых находился привычный арсенал оружия, что даже привело к краткой полемике с пилотом прежде, чем он был допущен на борт самолета. Самолет летел в Москву, где Карлос и его спутники пересели на другой рейс, отправлявшийся на Ближний Восток.