Эта исполинская лавина компромата и подхватила Юрия Скуратова, он не мог ее остановить, даже если бы захотел этого. В экстремальной ситуации Скуратов стал совершать поступки, которых, наверное, и сам от себя не ожидал — в нем открылись прекрасные бойцовские качества, он научился наносить точные и болезненные удары своим противникам, а обращенный против него компромат сумел превратить в оружие, которое было направлено уже в сторону врагов.
На посту генерального прокурора Юрий Скуратов стал все отчетливее понимать, что самые важные дела, связанные с коррупцией и отмыванием денег, так или иначе выводят его на самых высокопоставленных персон, порой — на членов семьи президента Ельцина. Одним из таких громких дел стало дело авиакомпании «Аэрофлот». В августе 1997 года Счетная палата России провела ревизию финансово-хозяйственной деятельности компании «Аэрофлот», и восемь томов материалов проверки, помеченные грифом «секретно», вскоре легли на стол Юрия Скуратова. Как выяснилось, Борис Березовский фактически создал в руководстве «Аэрофлота» свое «лобби», внедрив туда людей из подконтрольных ему структур, с подачи которых было принято решение о переводе восьмидесяти процентов валютной выручки загранпредставительств «Аэрофлота» на счета швейцарской фирмы «Андава». Контрольный пакет акций «Андавы» принадлежал Березовскому и заместителю гендиректора «Аэрофлота» Николаю Глушкову. Речь шла о скрытой приватизации крупнейшего авиаперевозчика. Через счета компании «Андава», по данным прокуратуры, прошло более 252,4 миллиона долларов, часть из которых была похищена. Журналист Пол Хлебников называл созданную в 1993 году в Лозанне компанию «Андава» неким «казначейским центром “Аэрофлота” за рубежом».[106] Следствием было установлено, что в мае 1996 года генеральный директор «Аэрофлота», маршал авиации Евгений Шапошников, разослал письма в сто пятьдесят два представительства авиакомпании за рубежом с приказом переводить до восьмидесяти процентов прибыли валютной выручки на счет компании «Андава». Впоследствии звучали предположения, что на подобный опрометчивый поступок доверчивого маршала подтолкнул Николай Глушков, который непосредственно представлял в «Аэрофлоте» бизнес-интересы Бориса Березовского. Конечно, Шапошников не мог не подозревать неладное, но для того, чтобы усыпить его бдительность, у Глушкова и Березовского была приготовлена легенда: якобы через «Андаву» деньги шли на финансирование избирательной кампании Бориса Ельцина. В действительности этими деньгами распоряжался лично Борис Абрамович. Вмешиваться в эти финансовые потоки маршал Шапошников по понятным причинам не решился. В марте 1997 года Шапошников ушел из «Аэрофлота», а на место генерального директора крупнейшей авиакомпании был назначен зять Бориса Ельцина — Валерий Окулов, долгие годы проработавший в гражданской авиации. Юрий Скуратов свидетельствует, что председатель Центробанка России Сергей Дубинин «задним числом дал “добро” на деятельность “Андавы” — раньше она работала без лицензии, дающей право на вывоз валютной выручки из России, а Дубинин легализовал ее. В одном из телефонных разговоров Дубинин пожаловался Березовскому, что люди из прокуратуры слишком близко подобрались к нему.