2 апреля 1999 года заместителем московского прокурора Вячеславом Росинским было возбуждено уголовное дело против Скуратова. Прокурор Москвы Сергей Иванович Герасимов рассказывал Скуратову: «Утром ко мне пришел Росинский, мой заместитель, и заявил, что ночью его вызывали в Кремль, после чего он возбудил против вас, Юрий Ильич, дело. По статье 285-й, части первой, “злоупотребление должностными полномочиями”. Возбудил после того, как ему показали пленку и… поставили вопрос ребром. Я спросил Росинского: “Почему не доложил раньше, почему не позвонил мне ночью, не рассказал все? Где материалы, по которым ты возбудил уголовное дело? Где постановление?” Росинский заявил, что пытался звонить мне, но не дозвонился».[148] В тот же день Борис Ельцин подписал указ об отстранении Юрия Скуратова от должности генерального прокурора.
17 марта 1999 года Юрий Скуратов выступил в Совете Федерации и заявил, что его вынудили написать прошение об отставке. Сенаторы проголосовали против отставки генерального прокурора, тем самым отвесив звонкую оплеуху Борису Ельцину. Совет Федерации хотел знать правду о тех громких делах, которые вела Генеральная прокуратура под руководством Скуратова. Все понимали, что администрация президента пытается заткнуть рот неугодному прокурору. В те времена Совет Федерации — верхняя палата российского парламента — формировалась из глав регионов России, и при такой системе несговорчивость сенаторов становилась особенно угрожающей для президента Ельцина. «Во время перерыва ко мне подходили многие сенаторы, старались поддержать. А один из них сказал довольно откровенно: “Ни хрена у Кремля из этого не получится. Все будет нормально, Юрий Ильич!” — вспоминал Скуратов.[149] Три раза Совет Федерации рассматривал вопрос об отставке Скуратова и три раза отказывался удовлетворить волю Ельцина. Отказ отпускать Скуратова в отставку выглядел как настоящий губернаторский бунт. Тем самым Ельцину подавался сигнал о том, что в регионах зреет недовольство его политикой. Самый влиятельный среди мэров и губернаторов России — градоначальник Москвы Юрий Лужков — назвал ситуацию со снятием Скуратова «торжеством произвола» и сравнил ее с действиями «троек» во время сталинского террора.[150] А глава администрации Брянской области Юрий Лодкин с трибуны Совета Федерации провозгласил: «Наблюдая за тем, что происходит вокруг Генеральной прокуратуры, я и многие мои коллеги испытывали два чувства. Первое — это чувство стыда. И второе — чувство государственного бессилия».[151] Действительно, для всех россиян становилось очевидно, что власть в лице Ельцина, повязанная по рукам и ногам путами коррупционной зависимости, все больше теряла самостоятельность и оказывалась лишь исполнителем воли криминала и олигархов.