Из Якиманской части Каляева перевели в Бутырскую тюрьму, в Пугачевскую башню. Через несколько дней его посетила жена убитого им Сергея Александровича, великая княгиня Елизавета Федоровна.
«Мы смотрели друг на друга, – писал об этом свидании Каляев, – не скрою, с некоторым мистическим чувством, как двое смертных, которые остались в живых. Я – случайно, она – по воле организации, по моей воле, так как организация и я обдуманно стремились избежать излишнего кровопролития.
И я, глядя на великую княгиню, не мог не видеть на ее лице благодарности, если не мне, то во всяком случае судьбе, за то, что она не погибла.
– Я прошу вас, возьмите от меня на память иконку. Я буду молиться за вас.
И я взял иконку.
Это было для меня символом признания с ее стороны моей победы, символом ее благодарности судьбе за сохранение ее жизни и покаяния ее совести за преступления великого князя.
– Моя совесть чиста, – повторил я, – мне очень больно, что я причинил вам горе, но я действовал сознательно, и если бы у меня была тысяча жизней, я отдал бы всю тысячу, не только одну.
Великая княгиня встала, чтобы уйти. Я также встал.
– Прощайте, – сказал я. – Повторяю, мне очень больно, что я причинил вам горе, но я исполнил свой долг, и я его исполню до конца и вынесу все, что мне предстоит. Прощайте, потому что мы с вами больше не увидимся».
Свидание это впоследствии было передано в печати в неверном и тенденциозном освещении, и эта передача доставила Каляеву много тяжелых минут. Впоследствии, в письме от 24 марта, он писал великой княгине:
«Я не звал Вас, Вы сами пришли ко мне: следовательно, вся ответственность за последствия свидания падает на Вас. Наше свидание произошло, по крайней мере с наружной стороны, при интимной обстановке. Все то, что произошло между нами обоими, не подлежало опубликованию, как нам одним принадлежащее. Мы с вами сошлись на нейтральной почве, по Вашему же определению, как человек с человеком, и, следовательно, пользовались одинаковым правом инкогнито. Иначе как понимать бескорыстие Вашего христианского чувства? Я доверился Вашему благородству, полагая, что Ваше официальное высокое положение, Ваше личное достоинство могут служить гарантией, достаточной против клеветнической интриги, в которую так или иначе были замешаны и Вы. Но Вы не побоялись оказаться замешанной в нее: мое доверие к вам не оправдалось. Клеветническая интрига и тенденциозное изображение нашего свидания налицо. Спрашивается: могло ли бы произойти и то и другое помимо Вашего участия, хотя бы пассивного, в форме непротивления, обратное действие которому было обязанностью Вашей чести? Ответ дан самим вопросом, и я решительно протестую против приложения политической мерки к доброму чувству моего снисхождения к Вашему горю. Мои убеждения и мое отношение к царствующему дому остаются неизменными, и я ничего общего не имею какой-либо стороной моего “я” с религиозным суеверием рабов и их лицемерных владык.