В юридической части своей жалобы Каляев, исполняя свой долг, старался провести строго партийную точку зрения, как он делал это и на суде. Он коснулся вопроса цареубийства и отношения партии к анархизму. В том и другом случае он не счел для себя возможным защищать свое личное мнение. Он писал:
«Если бы я имел в виду его величество, я сказал бы, что я действовал против его величества и не было бы мне надобности скрывать мою мысль в общей формуле “против императорского дома”. Моя формула имеет ограничительное значение и вовсе не касается в этом смысле его величества как царствующего монарха. Моя партия, насколько я понимаю партийную политику, не ставила вопроса о личности его величества. В своем заявлении, как член партии, сознающий свой долг блюсти ее интересы, я также не высказывал лично от себя больше, чем это мне позволяла партийная дисциплина. Говоря о политике Александра III и т. д., я имел в виду не личность его величества, а партийную реакционную политику, в которой великие князья принимают самое невыгодное для его величества участие. Это я и высказал словами: “Если верно то, что такие министры, как Плеве, губят монархию, то еще с большим основанием можно сказать, что такие великие князья, как Сергей Александрович, губят престиж династии”. В изъяснение настоящего заявления я считаю долгом подробнее развить свою мысль о том, что ни партия, ни я не могут быть признаны анархистами. Поэтому, во избежание неправильного толкования моих мыслей, я заявляю свой протест против включения формулы – “дядя его величества” – в окончательную форму приговора.
В государственном вопросе партия социалистов-революционеров стоит на точке зрения европейской социал-демократии, проповедующей участие рабочего народа в государственном управлении посредством выборов в парламент. Наша партия, как и социал-демократы, выставляет в настоящее время требование всеобщего избирательного права и очень далека от анархистского отрицания блага государственного народоуправления. Я могу указать на программу, опубликованную в одном из номеров “Революционной России”, а также на заявление по случаю убийства Плеве, в котором она явно отграничивает себя от анархистов, повторяя заявление “Народной воли”».
Протест этот Сенатом уважен не был, и в понедельник, 9 мая, Каляев был перевезен на полицейском пароходе из Петропавловской крепости в Шлиссельбург. В ночь на 10 мая, около 10 часов вечера, его посетил священник, о. Флоринский. Каляев сказал ему, что хотя он человек верующий, но обрядов не признает. Священник ушел. Во втором часу ночи, когда уже светало, Каляева вывели на двор, где чернела готовая виселица. На дворе находились представители сословий, администрация крепости, команда солдат и все свободные от службы унтер-офицеры. Каляев взошел на эшафот. Он был весь в черном, без пальто, в фетровой шляпе.