Вдобавок отношения с тетей-свекровъю, эрцгерцогиней Софией, у Сиси не сложились. Это были очень разные женщины: Елизавета, еще ребенок, по-детски любила свободу и терпеть не могла дисциплину, в то время как София, которая испытала все «прелести» брака без любви, с человеком, уступавшим ей по интеллектуальным и душевным качествам, знала толк в политических комбинациях и дворцовых интригах и сознательно подчинила свою жизнь интересам династии и государства. Она не могла понять, как ее невестка осмеливается протестовать против необходимости обедать, не снимая перчаток («Австрийская императрица не может есть голыми руками!» — восклицала София), почему она предпочитает «простонародное» пиво изысканному вину и самое главное — почему всеми способами уклоняется от участия в многочисленных придворных церемониях. «Я ведь его очень люблю. Если .бы только он был простым портным», — этот вздох Сиси лучше всего объясняет ситуацию. Титулы, звания, деньги — все это были понятия, которые не имели для молодой Елизаветы никакого значения. Она была очень эмоциональна и в своих детских фантазиях представляла будущий брак не иначе, как в идиллически-сентименталъных образах. Понятно, что пробуждение в Вене оказалось столь тяжелым» (Hammann В. Alzbeta: Cisarovna proti sve vuli. Praha, 1997. S. 61).
Впрочем, тяжело было не только Елизавете. Ее муж попал в ситуацию, кошмарную для любого мужчины: он оказался между двух огней — горячо любимой женой и не менее любимой и почитаемой матерью, причем предметом их разногласий и ссор зачастую служил он сам. Франц Иосиф, которому с малых лет было внушено сознание собственного долга перед династией и страной, тем не менее настолько сильно любил Сиси, что не мог встать на сторону эрцгерцогини Софии, чьи жизненные установки были гораздо ближе его дисциплинированной натуре. Казалось, обстановка разрядится после того, как у молодых появится ребенок, но этого не произошло: когда 5 марта 1855 г. Елизавета произвела на свет девочку (она получила имя бабушки — София), мать императора забрала ребенка к себе, что возмутило Сиси. 15 июля следующего года у августейшей четы родилась вторая дочь — Гизела, появление которой вызвало в придворных кругах чуть ли не печаль: все ждали наследника престола, ведь ни один из братьев императора пока не обзавелся потомством, и будущее династии оставалось довольно неясным.
Еще более мрачной стала ситуация после того, как в мае 1857г. в Венгрии, где в тот момент находились ее родители, от кори умерла маленькая София. Для Елизаветы это было особенно сильным ударом, поскольку именно она — вопреки воле эрцгерцогини Софии — настояла на том, чтобы обе дочери сопровождали императорскую чету в поездке. Потрясенная императрица несколько месяцев не могла прийти в себя, причем смерть старшей дочери имела парадоксальные последствия для двух других детей — Гизелы и родившегося в 1858 г. Рудольфа, по отношению к которым мать долгое время сохраняла удивительную холодность и отчуждение. Кроме того, как отмечает чешский историк О. Урбан, «в столкновении двух противоположных тенденций — будет ли она (Елизавета. —